Black/Matrix 00 (“Double O”) é uma expansão de Black/Matrix Zero, com uma história profundamente retrabalhada e ampliada, vários finais adicionais, opções de New Game+ e alguns minijogos novos. A jogabilidade básica e os gráficos permanecem os mesmos da versão original de Game Boy Advance. Foi o último jogo lançado para PS1 no Japão.
Em um mundo em que anjos, demônios e a humanidade travam uma guerra, Black Matrix 00 acompanha um jovem em busca de um amigo de infância que foi sequestrado. A história começa com um homem mudo sendo acolhido por uma mulher que cuida de sua recuperação depois de uma experiência traumática. A relação entre os dois foge de um romance convencional em vários aspectos: ele tem asas brancas, enquanto ela tem asas negras — e, nesse mundo, as pessoas de asas negras dominam. Além disso, elas também demonstram devoção a Satanás. Como era de se esperar em um cenário em que Satanás está sempre presente, o amor é tratado como algo proibido. Quando a mulher admite seus sentimentos pelo homem, os dois são separados à força, e ele acaba se juntando a aliados na prisão. A partir daí, a trama desenvolve várias referências bíblicas em meio à luta contra as forças opressoras de Satanás.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| PlayStation | 12/05/2004 | Japão |
| PlayStation 3 | 09/02/2010 | Japão |
| PlayStation Portable | 09/02/2010 | Japão |