Uma continuação direta de Blue Dragon, ambientada um ano após os eventos do primeiro jogo. O título adota um estilo de estratégia em tempo real, com personagens movidos pelo mapa usando a caneta na tela inferior, e os combates acontecem quando eles se aproximam o suficiente para atacar.
Um ano após os eventos do jogo original, o mundo continua a explorar e a se adaptar aos cube worlds que surgiram com a abertura do núcleo do planeta. Um dia, King Jibral e Zola encontram a misteriosa sombra de um dragão maligno em um dos cubes. Zola pressente que algo está errado e, após informar Shu e o grupo, eles embarcam em mais uma aventura para descobrir essa nova ameaça.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Nintendo DS | 03/09/2008 | Japão |
| Nintendo DS | 18/02/2009 | América do Norte |
| Nintendo DS | 09/04/2009 | Europa |