Dungeons & Dragons: Shadow over Mystara

Além dos quatro heróis do jogo anterior, Dungeons & Dragons: Tower of Doom (Cleric, Dwarf, Elf e Fighter), Shadow over Mystara adiciona um Thief e um Magic-User à seleção. Além disso, como cada personagem tem duas versões diferentes de seu conjunto de sprites, o jogo permite que até dois jogadores escolham o mesmo personagem — algo que não acontecia em Tower of Doom, no qual cada personagem só podia ser selecionado uma vez. Na prática, isso dá ao jogo 12 "personagens" diferentes para escolher. Os dois Clerics e os dois Magic Users também têm pequenas diferenças em seus livros de magias.

Os controles usam quatro botões: Attack, Jump, Select (que abre um pequeno anel de inventário ao redor do personagem, permitindo escolher qual item ficará na opção Use) e Use. O Cleric, o Elf e o Magic-User também têm dois anéis extras para suas magias, e o botão Jump é usado para alternar entre eles. Embora o jogo use o mesmo harness de chute do título anterior, os botões Select e Use são invertidos.

Shadow over Mystara também introduziu uma seleção de movimentos especiais executados com combinações de direções do direcional e toques nos botões, de forma parecida com a série Street Fighter. Os personagens, exceto o Magic-User, têm um Dashing Attack e um Rising Attack, que podem ser usados para emendar combos em monstros ou até mantê-los no ar. A maioria dos personagens — novamente com exceção do Magic-User e também do Cleric — também conta com o Megacrush, um movimento comum em quase todos os side-scrollers da Capcom, que causa dano a todos os inimigos próximos, mas também machuca o próprio jogador.