Grandia II é um RPG em 3D, com visão de cima na maior parte do tempo e câmera em terceira pessoa durante as batalhas. Controlando Ryudo, o jogador explora diferentes locais, procurando moradores e objetos com os quais possa interagir. Cidades e masmorras são apresentadas de forma parecida, embora as masmorras costumem funcionar como labirintos cheios de monstros, enquanto as cidades são áreas mais seguras, voltadas a conversas e lojas. Os monstros que aparecem nesses cenários ficam andando pelo ambiente. Ao encostar em um deles, a batalha começa. Se o monstro perceber Ryudo se aproximando, o combate ocorre normalmente. Se o jogador conseguir chegar sem ser notado, o grupo ganha a iniciativa. Se algum membro da equipe, exceto Ryudo, for abordado pelo inimigo, a iniciativa é perdida.
Ryudo é um mercenário conhecido como Geohound e é contratado pela Church of Granas para escoltar Elena, uma Songstress of Granas, até a Garmia Tower para uma cerimônia. Ao chegar, ele recebe a ordem de esperar enquanto o ritual é realizado. No entanto, ouve um grito e corre até o último andar. Ao encontrar todos mortos e Elena com um par de asas, ele a resgata, e os dois retornam à vila de Carbo. De volta à vila, o padre pede que Ryudo leve Elena até St. Heim Papal State para encontrar Pope Zera e buscar uma forma de purificá-la das Wings of Valmar, uma das várias partes de Valmar, que agora a possuem. Antes que ele possa recusar o trabalho, a vila é atacada por uma mulher alada misteriosa, que derrota Ryudo em batalha. Ela se apresenta como Millennia e desaparece.
Na manhã seguinte, Ryudo aceita a missão e parte com Elena para St. Heim. Na cidade de Agear, Millennia aparece novamente, desta vez de forma mais amigável, e se une ao grupo. Ela acaba revelando que é as Wings of Valmar e que possui Elena, compartilhando o corpo dela como uma entidade separada. O grupo, que mais tarde também passa a contar com Roan e com o beast man Mareg, encontra outras partes de Valmar, que Millennia absorve após derrotá-las.
Quando o grupo chega a St. Heim Papal State, Elena se encontra com Pope Zera, que deseja falar com Ryudo. O Papa pede que ele encontre a lendária Granasaber, uma arma usada por Granas para derrotar Valmar. Ryudo aceita com relutância, e o grupo viaja até Cyrum, a cidade natal de Roan. Ao chegar, eles descansam na estalagem enquanto Roan se afasta. Na manhã seguinte, é revelado que Roan é o príncipe e que o povo de Cyrum já ajudou Valmar contra Granas na guerra antiga. O grupo entra no castelo, encontra a Gate of Darkness aberta e descobre uma fábrica antiga sob suas dependências. Eles enfrentam os Claws of Valmar e, depois, Melfice no castelo. Melfice é o irmão de Ryudo e o homem que Mareg procura. Ele foge depois de derrotar o grupo em batalha e diz a Ryudo para enfrentá-lo em casa. Roan é coroado rei e decide permanecer em Cyrum para incentivar seu povo a não deixar o passado definir o futuro. Tio, a entidade possuída pelos Claws e uma Automata, se junta ao grupo após ser resgatada.
O grupo chega de barco à vila de Garlan, cidade natal de Ryudo, e ele é imediatamente repreendido por ter retornado e obrigado a partir. Ele revela que Melfice voltou e que pretende matá-lo para acabar com o tormento que ele causa ao mundo. Na estalagem, Skye, disfarçado, conta a Elena a história de Ryudo. Garlan costumava ser uma vila de espadachins, e Melfice era o melhor entre eles. Certa noite, durante uma tempestade, o ídolo nas colinas passou a se agitar, então os moradores enviaram Reena, noiva de Melfice, para rezar no altar. Ela não voltou, e Melfice foi investigar, sendo seguido secretamente por Ryudo. No santuário, Ryudo testemunhou Melfice matar Reena. Mais tarde, Ryudo fugiu da cidade e ficou longe por três anos, o que fez os moradores acreditarem que ele os abandonara, daí o desprezo que demonstram por ele. Na manhã seguinte, o grupo sobe a montanha para confrontar Melfice. No topo, derrotam-no, e depois ele se reconcilia com Ryudo e informa ao grupo o local da Granasaber antes de morrer. Enquanto Ryudo lamenta sua perda, os Horns o possuem, fazendo-o perder a consciência. De volta à estalagem, Elena pede ajuda a Millennia, mas ela se recusa no início. No entanto, acaba cedendo e usa seus poderes para selar os Horns dentro de Ryudo, que então desperta com um novo propósito. Ainda assim, Elena questiona Granas, já que foi Valmar quem salvou Ryudo.
O grupo viaja até Nannan, cidade natal de Mareg, próxima ao local da Granasaber. Na vila, Mareg é elogiado por sua missão bem-sucedida, e o grupo é informado sobre o paradeiro da arma: dentro de um enorme ciclone a leste. Eles seguem até lá e desativam a tempestade artificial, revelando a Granasaber. Porém, Selene, a High Priestess, aparece e sacrifica um Cathedral Knight para reviver o Body of Valmar ao redor da Granasaber. O grupo entra no corpo e o destrói. Tio revela que a Granasaber é uma nave, teletransportando o grupo para dentro dela e guiando a enorme espada de volta a St. Heim. O Day of Darkness chega, e o grupo presencia os Cathedral Knights massacrando os moradores e derrota os cavaleiros. Elena revela sua verdadeira missão: absorver as partes de Valmar para que pudessem ser destruídas pela Granasaber. Na Cathedral, Selene se transforma no Heart of Valmar, e o grupo o destrói. Eles alcançam Zera, que revela a verdade: Valmar venceu a batalha contra Granas, que foi morto. Ele declara sua intenção de reviver Valmar usando Elena e a sequestra, levando-a para a Moon of Valmar.
O grupo usa a Granasaber para chegar à lua e salvar Elena. Mais tarde, Mareg, ferido, se sacrifica para permitir que o grupo escape da lua. Após cair perto de Cyrum, agora sitiada por monstros vindos da lua, o grupo se reúne com Roan e defende a cidade. Em seguida, a Moon of Valmar atinge a Granas Cathedral, e o novo Valmar surge. Sem meios para derrotá-lo, o grupo ouve a sugestão de Roan de viajar até o Birthplace of the Gods, que revela muito sobre a guerra antiga e as origens de ambos os deuses. Ao conhecer outro Automata chamado Elmo, Ryudo decide enfrentar os Horns dentro de si e passa por várias provações. Ele supera seus medos e inseguranças e recebe a verdadeira Granasaber. O grupo então desafia Valmar e entra em seu corpo. Lá dentro, eles encontram Zera, que os ataca antes de enviar uma falsa Millennia contra eles. O grupo de Ryudo sai vitorioso, e a verdadeira Millennia, agora separada de Elena, se junta a eles. Zera separa o grupo e lança um ataque final contra Ryudo, Elena e Millennia. Eles o derrotam e destroem Valmar de uma vez por todas, restaurando a paz no mundo.
O final mostra os personagens um ano após a derrota de Valmar. Roan ainda é rei e parte em uma jornada para encontrar seus amigos. Tio se tornou enfermeira em Cyrum, Millennia é professora e Elena percorre o mundo como cantora em uma trupe. Em outro lugar, Ryudo repousa a Granasaber e retorna ao mundo.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Dreamcast | 02/08/2000 | Japão |
| Dreamcast | 05/12/2000 | América do Norte |
| Dreamcast | 22/02/2001 | Europa |
| PC (Microsoft Windows) | 30/12/2001 | Coreia |
| PlayStation 2 | 27/01/2002 | América do Norte |
| PlayStation 2 | 20/02/2002 | Japão |
| PC (Microsoft Windows) | 13/03/2002 | América do Norte |
| PlayStation 2 | 27/03/2002 | Europa |
| PC (Microsoft Windows) | 11/04/2002 | Europa |
| PC (Microsoft Windows) | 30/11/2002 | China |
| PlayStation 3 | 25/06/2015 | Ásia |