Embora Pokémon Stadium 2 tenha uma história, o progresso no jogo acontece ao vencer as Copas no Stadium e concluir o Gym Leader Castle. Quando todas as Copas forem vencidas e o Gym Leader Castle for concluído, o Rival do jogador aparece. Derrotá-lo desbloqueia a Round 2, na qual o jogador precisa enfrentar novamente o Stadium, o Gym Leader Castle e o Rival para terminar o jogo. Nessa fase, porém, eles usam Pokémon diferentes e a dificuldade é bem maior.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Nintendo 64 | 13/12/2000 | Japão |
| Nintendo 64 | 25/03/2001 | América do Norte |
| Nintendo 64 | 31/03/2001 | Brasil |
| Nintendo 64 | 18/10/2001 | Europa |