A versão para Game Boy oferece a opção de jogar como Ramius ou como o comandante do comboio da Marinha Soviética. São oito fases, começando na Groenlândia e terminando na costa oeste dos Estados Unidos. A quinta fase mostra uma arquitetura grega, em uma referência escondida em que a cidade perdida de Atlântida foi descoberta sem que ninguém percebesse. Como comandante do comboio, a missão do jogador é afundar o Red October, sem medir esforços.
É 1984. Um submarino soviético da classe Typhoon chamado Red October está sob o comando do capitão Marko Ramius, que pretende levar a embarcação aos Estados Unidos e impedir que ela seja usada de forma indevida para iniciar uma guerra.
O jogador controla o submarino titular em uma série de fases subaquáticas, evitando colisões com paredes e superfícies enquanto enfrenta ameaças navais e aéreas com torpedos, ogivas guiadas e o Caterpillar Drive, usado para furtividade temporária. O jogo também conta com um radar, que mostra a área ao redor do submarino e quaisquer unidades próximas.
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| Plataforma | Data | Região |
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| Game Boy | 30/04/1991 | América do Norte |
| Game Boy | 27/04/1992 | Japão |
| Game Boy | 10/06/1992 | Europa |