Durante os eventos do primeiro jogo, Virtua Cop, Michael "Rage" Hardy e James "Smarty" Cools desmantelaram o império criminoso da E.V.I.L Inc. Três de seus líderes — King, Boss e Kong — estão presos em uma penitenciária federal de segurança máxima. O quarto membro da organização, o terrorista internacional Joe Fang, teria morrido em um acidente de helicóptero, embora seu corpo nunca tenha sido encontrado. Após a queda da E.V.I.L Inc., uma investigação completa sobre suas atividades no mercado ilegal e no tráfico de armas foi iniciada pelo banco de Virtua City.
No ano passado, parecia que a Virtua Squad finalmente tinha acabado com o reinado de crime da E.V.I.L Syndicate sobre Virtua City. Os líderes da gangue estavam atrás das grades, em cuidados intensivos ou debaixo da terra. E a Unidade de Investigações Especiais da Polícia de Virtua City ganhou uma nova integrante: Janet Marshall, especialista em perfis psicológicos criminais.
Mas os problemas começaram a surgir em lugares inesperados. O vice-presidente do Banco de Virtua City foi morto em circunstâncias suspeitas, oficialmente tratadas como um "acidente". E as contas infladas da agora extinta E.V.I.L Syndicate, que ele era suspeito de lavar, foram esvaziadas da noite para o dia. O dinheiro desaparecido somava mais do que o PIB de muitos países pequenos.
Enquanto isso, em outra parte da cidade, os alarmes rompem a tranquilidade de Virtua City. Houve um ousado assalto à luz do dia à maior joalheria do estado. E no canteiro de obras do novo metrô, houve uma quantidade incomum de atividade inexplicável envolvendo materiais muito suspeitos. Parece que a E.V.I.L renasceu.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Arcade | 31/08/1995 | Japão |
| Arcade | 31/10/1995 | América do Norte |
| Sega Saturn | 21/11/1996 | Japão |
| Sega Saturn | 21/11/1996 | América do Norte |
| Sega Saturn | 27/11/1996 | Europa |
| Arcade | 30/12/1996 | Europa |
| PC (Microsoft Windows) | 19/11/1997 | Europa |
| PC (Microsoft Windows) | 23/11/1997 | América do Norte |
| PC (Microsoft Windows) | 04/12/1997 | Japão |
| Dreamcast | 01/03/2000 | Japão |
| PlayStation 2 | 14/08/2002 | Japão |
| PlayStation 2 | 28/11/2002 | Europa |