O jogador volta a assumir o papel do piloto da nave Vic Viper para enfrentar uma nova investida do Império Bacterion, agora sob o comando de Gofer, a cabeça gigante. Gradius II preserva a jogabilidade do jogo original, mas incorpora melhorias vindas do derivado Salamander (Life Force). Isso fica mais evidente em duas das configurações de armamento disponíveis. Outra novidade na série foi a inclusão da sequência de chefes, também chamada de boss rush, boss parade ou boss alley, uma fase composta inteiramente por confrontos contra chefes.
Gradius II mantém a barra de seleção de Gradius, mas agora o jogador pode escolher entre quatro configurações e progressões diferentes de armamento. Todos os esquemas contam com speed-up e Options, mas variam nos tipos de Missile, Double (laser) e Laser. O jogador pode ter no máximo quatro Options. Além disso, há dois tipos de proteção para escolher: shield e forcefield. A opção shield aumenta a resistência, mas protege apenas a dianteira da Vic Viper, enquanto forcefield protege toda a nave, embora só suporte três acertos. Na versão de Famicom, ao escolher outro Option depois de já ter quatro, os quatro Options passam a orbitar a nave por 16 segundos; o forcefield é a única proteção disponível para toda a nave, resistindo a três acertos, e está incluído em quatro configurações e progressões diferentes de armamento; já Double e Laser precisam ser ativados duas vezes para atingir seu desempenho máximo.
Dois anos atrás, o planeta Gradius foi surpreendido por um ataque repentino das forças Bacterian. Diante dessa invasão, o Exército de Gradius decidiu recorrer à nave de combate extradimensional Vic Viper como última esperança.
Avançando até o núcleo das forças inimigas, Vic Viper travou uma batalha épica de vida ou morte e, por fim, destruiu a fortaleza Bacterian Xaerous, salvando Gradius.
Agora, Bacterian volta a mirar a destruição do planeta Gradius. Desta vez, o ataque é liderado pela unidade de elite Gofer.
O Exército de Gradius não perdeu tempo em dar a ordem:
Vic Viper, prepare-se para decolar!
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Arcade | 29/02/1988 | Japão |
| Legacy Mobile Device | 18/02/2004 | Mundial |
| PlayStation 3 | 19/10/2010 | Mundial |