Assassin's Creed é um jogo de ação e aventura não linear em que o jogador controla Altaïr Ibn-La'Ahad, um Assassino do Levante no século XII, durante a Terceira Cruzada. Sua vida é revivida por meio do Animus por seu descendente do século XXI, Desmond Miles.
A Director's Cut Edition inclui quatro memórias exclusivas para PC: Rooftop Race Challenge, Archer Stealth Assassination Challenge, Merchant Stand Destruction e Informant Escort Challenge.
Desmond Miles, um bartender, é sequestrado pela empresa Abstergo Industries para servir de cobaia no Animus, um dispositivo capaz de simular memórias genéticas. A intenção da Abstergo é usar Desmond para acessar as lembranças de seu antepassado, Altaïr Ibn-La'Ahad, membro da Brotherhood of Assassins no ano de 1191, durante a Terceira Cruzada na Terra Santa. No começo, Desmond tem dificuldade para se adaptar ao aparelho, mas aos poucos revivência os feitos de Altaïr ao longo de vários dias. A partir daí, o jogo passa principalmente para o ponto de vista de Altaïr, com transições ocasionais para Desmond, por causa de problemas no Animus ou do surgimento do Bleeding Effect.
O jogo começa com Desmond entrando na memória de Altaïr, mas logo enfrenta problemas de sincronização. Nesse momento, é possível ouvir as vozes de Lucy Stillman e Warren Vidic, discutindo sobre a segurança de Desmond dentro do Animus. Depois de alguns contratempos, Desmond sai da máquina virtual e Vidic explica o funcionamento interno do Animus, antes de iniciar o programa de tutorial. Quando o tutorial termina, Desmond acessa a memória mais próxima que pode ser sincronizada com a de Altaïr; Lucy acrescenta que ele precisa reviver momentos-chave da vida de Altaïr para aumentar a sincronização, até chegar à memória final, que contém a informação que a Abstergo procura.
Altaïr é mostrado pela primeira vez tentando recuperar um dos artefatos conhecidos como Pieces of Eden no Templo de Salomão, com a ajuda de Malik Al-Sayf e de seu irmão, Kadar, mas eles são interrompidos por Robert de Sablé, Grão-Mestre dos Cavaleiros Templários e inimigo jurado dos Assassinos. Durante a tentativa de obter o tesouro, Altaïr quebra as três leis do Creed dos Assassinos ao tentar matar Robert, mas acaba fracassando. Na confusão que se segue, o irmão de Malik morre, e o braço esquerdo de Malik fica inutilizado, sendo depois amputado. Quando Altaïr retorna à fortaleza dos Assassinos em Masyaf para pedir desculpas, Malik, que sobreviveu a de Sablé, volta com o artefato e despreza Altaïr por sua arrogância.
Depois de derrotar por pouco um ataque de retaliação dos Templários, Al Mualim, líder dos Assassinos, rebaixa Altaïr à condição de novato, mas lhe dá outra chance de subir na hierarquia da Brotherhood. Al Mualim designa Altaïr para assassinar nove figuras importantes da Terra Santa, em Jerusalem, Acre e Damascus, com o objetivo de trazer paz entre as forças cruzadas e sarracenas. Cada alvo é baseado em uma figura histórica real da Terceira Cruzada, incluindo Majd Addin, Garnier de Naplouse, Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud, Sibrand, William of Montferrat e Robert de Sablé.
Altaïr conclui cada missão e aprende como cada alvo está ligado a Robert e aos Templários, além de descobrir que, juntos, eles pretendem encerrar as Cruzadas e colocar a Terra Santa sob seu próprio controle. Com homens dos dois lados mortos, ele percebe que o último plano de Robert é unir as forças cristãs e muçulmanas contra um novo inimigo comum: os próprios Assassinos. Altaïr derrota de Sablé diante de Richard the Lionheart, sem conseguir convencer o rei de que o fim da guerra seria bem-vindo para ambos os lados, mas frustrando o plano de Robert. A partir de de Sablé, Altaïr descobre que o próprio Al Mualim era membro dos Templários e usou o Assassino para matar os outros membros que conheciam o segredo do poder do tesouro, para que pudesse guardar o artefato só para si.
Altaïr retorna rapidamente a Masyaf e confronta seu mestre, que então revela a verdade: a Piece of Eden, recuperada com a ajuda direta de Altaïr antes de sua transgressão, cria ilusões. Ele condena a religião e outros eventos aparentemente sobrenaturais — como as Dez Pragas do Egito, a abertura do Mar Vermelho e a presença dos deuses gregos na Guerra de Troia — como ilusões causadas pela peça, e afirma que pretende usar o artefato para obrigar a humanidade a entrar em um estado de dominação mental, encerrando assim todos os conflitos. Altaïr acaba conseguindo enxergar através das decepções criadas pelo artefato e mata Al Mualim. Ao recuperar a peça, a Piece of Eden é ativada e mostra uma projeção holográfica do mundo, com vários locais de outras Pieces of Eden marcados pelo globo.
Quando o processo termina, Desmond descobre que a Abstergo é uma fachada moderna dos Templários e que eles já estão atrás de outros artefatos nos locais identificados nas memórias de Altaïr. Ele também descobre que os Assassinos do presente tentaram resgatá-lo antes do fim da memória, mas falharam. Depois disso, Desmond deveria ser morto por ordem de um Templário de alto escalão, Alan Rikkin, mas Lucy Stillman o salva da execução e, em determinado momento, dobra o dedo anelar para dentro da mão, em referência à tradição dos Assassinos de amputar o dedo.
Embora Desmond continue preso no laboratório da Abstergo, sua experiência no Animus cria um Bleeding Effect da vida de Altaïr na sua própria, permitindo que ele use o Eagle Vision de Altaïr. Isso, por sua vez, faz com que Desmond veja mensagens estranhas pintadas nas paredes de seu quarto e no chão do laboratório. As mensagens tratam de diferentes formas do fim do mundo em várias culturas, incluindo várias referências a 21 de dezembro de 2012, data em que a Abstergo planeja lançar um satélite para "encerrar permanentemente a guerra". O jogo sugere que esse método seria o mesmo usado por Al Mualim para hipnotizar Masyaf, mas em uma escala muito maior. No fim, Desmond se pergunta o que significam todas aquelas imagens e quem poderia tê-las desenhado.
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| Plataforma | Data | Região |
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| PC (Microsoft Windows) | 07/04/2008 | América do Norte |
| PC (Microsoft Windows) | 09/04/2008 | Austrália |
| PC (Microsoft Windows) | 10/04/2008 | Europa |