Na versão de GBA de Bionicle Heroes, baseada na franquia LEGO Bionicle, o jogador assume o papel da equipe Toa Inika. A história se passa na ilha de Voya Nui, onde é preciso recuperar a Mask of Life, roubada pela gangue Piraka, que também escravizou os Matoran, os habitantes nativos. Diferentemente das versões de console e de DS, o jogo usa uma perspectiva de cima para baixo.
A campanha acontece em seis áreas da ilha, seguidas por um confronto final. O jogador começa como um Toa of Fire, mas, ao concluir áreas e derrotar o chefe de fase, é possível coletar máscaras adicionais: Air, Stone, Ice, Earth e Water. Cada Toa tem uma arma principal e uma secundária, baseadas na natureza elemental da máscara, com características específicas. Ao longo das fases, também é possível encontrar melhorias para as armas. A segunda arma é limitada por um medidor de energia, que leva algum tempo para recarregar. Cada área exige um Toa específico, mas no modo Free Play as fases concluídas podem ser revisitadas, permitindo alternar entre as formas a qualquer momento para usar habilidades diferentes. Os Toa podem se mover lateralmente durante o combate, com opção de mirar automaticamente nos inimigos ou controlar isso manualmente.
A história de Bionicle Heroes, na qual o jogador tenta libertar a ilha de Voya Nui e seus habitantes dos vilões Piraka, não faz parte da cronologia oficial de Bionicle.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Game Boy Advance | 13/11/2006 | América do Norte |
| Game Boy Advance | 23/11/2006 | Europa |