BlackSite: Area 51

Medos do mundo moderno explodem pelas ruas de uma pequena cidade americana tomada por vida alienígena. O governo está em desespero, lutando para conter segredos tão terríveis que já não podem ser mantidos. Você é Aeran Pierce, um assassino das Forças Especiais lançado em um dos momentos mais explosivos da história dos Estados Unidos. Tudo depende das suas ações em BlackSite: Area 51.

O jogo começa com o capitão Aeran Pierce e o restante da Delta Force Echo Squad sendo enviados para investigar um suposto depósito de armas no Iraque. Eles são acompanhados pela líder de uma equipe científica de elite, a doutora Noa Weis. O depósito está infestado por humanos e animais mutantes, chamados em conjunto de Xenos, criados por um cristal alienígena encontrado no local. Esse cristal incapacita Pierce e obriga o esquadrão a recuar. Três anos depois, uma milícia fortemente armada tomou o controle de Area 51 e da região ao redor, junto com um surto de criaturas alienígenas idênticas às encontradas no Iraque. A Echo Squad e a doutora Weis são escolhidas para retomar a base.