Em sua busca por um cristal que o grupo havia encontrado depois de ele cair do céu, Bowser captura Mario e seus amigos e não hesita em encolhê-los até um tamanho minúsculo para se livrar deles e tentar colocar as mãos nos outros quatro cristais. Os heróis em miniatura precisam encontrar os cristais antes dele, avançando por cenários gigantes, cheios de criaturas enormes. A campanha para um jogador se passa em cinco ambientes diferentes, cada um terminando com um chefe. Como de costume, os jogadores precisam coletar moedas e estrelas, ao mesmo tempo em que escapam de perigos como Piranha Plants e outras criaturas clássicas do universo Mario.
Numa noite, cinco Sky Crystals misteriosos caem na Terra. Mario encontra um deles e o mostra com entusiasmo aos amigos.
De repente, chega um convite inesperado de Bowser: “Ei, seus bobocas! Vou dar uma grande Bowser Bash para pedir desculpas por ser tão grosseiro!”
Naturalmente, todos desconfiam, mas a promessa de comida grátis é tentadora demais para ser ignorada. Eles seguem para o Bowser’s Castle, esperando uma festa, mas tudo não passa de uma armadilha. Bowser rouba o Sky Crystal e usa um novo aparelho chamado Minimizer para encolher todo mundo.
Com quatro Sky Crystals ainda desaparecidos, Bowser lança os heróis em tamanho minúsculo para a região mais afastada do reino, para mantê-los longe do caminho.
Assim começa a aventura deles, em um mundo enorme e cheio de desafios.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Nintendo DS | 07/11/2007 | Japão |
| Nintendo DS | 18/11/2007 | América do Norte |
| Nintendo DS | 22/11/2007 | Europa |
| Nintendo DS | 21/05/2008 | Coreia |
| Wii U | 20/04/2016 | Europa |
| Wii U | 20/04/2016 | América do Norte |