A segunda aventura portátil da série Mega Man mostra o herói, ao lado de Rush, enfrentando mais oito Robot Masters reativados — vindos de Mega Man 2 e Mega Man 3 — enquanto tenta descobrir onde Dr. Wily está. O vilão viajou ao futuro para roubar uma arma capaz de enfrentar Mega Man.
Mesmo após ser derrotado por Mega Man nos eventos de Mega Man: Dr. Wily's Revenge, Dr. Wily já planejava seu próximo esquema. Se conseguisse colocar as mãos na máquina do tempo, chamada Time Skimmer no manual americano, que estava sendo desenvolvida no Time-Space Research Laboratory, chamado Chronos Institute no manual americano, ele acreditava que poderia mudar o passado.
Depois de roubar a máquina do tempo, Wily queria partir imediatamente em uma viagem pelo tempo, mas seus planos precisaram ser interrompidos quando ele descobriu que o aparelho tinha uma falha grave.
Enquanto isso, Dr. Light havia sido enviado ao laboratório de tempo e espaço para investigar. Com a ajuda do superolfato de Rush, ele conseguiu concluir que o responsável pelo roubo era ninguém menos que Dr. Wily. Preocupado com o incidente, Dr. Light chamou Mega Man e Rush às pressas para localizar o paradeiro de Dr. Wily.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Game Boy | 19/12/1991 | Japão |
| Game Boy | 31/01/1992 | América do Norte |
| Game Boy | 29/09/1992 | Europa |
| Nintendo 3DS | 24/09/2013 | Japão |
| Nintendo 3DS | 07/05/2014 | América do Norte |
| Nintendo 3DS | 06/08/2014 | Europa |
| Game Boy | TBD | Brasil |
| Game Boy | TBD | China |