Mega Man X3

Mega Man X e seu fiel parceiro Zero têm um novo inimigo pela frente. Quem — ou o que — provocou uma onda de Mavericks na utopia experimental conhecida como Doppler Town?

Batizada em homenagem ao cientista reploid que a idealizou, Doppler Town deveria ser um lugar onde humanos e reploids pudessem viver em harmonia. Depois de descobrir um vírus que transformava reploids em Mavericks, o antivírus criado por Doppler foi um grande sucesso. Mas o próprio Doppler acabou infectado pelo vírus e reuniu uma equipe para enfrentar as unidades de Maverick Hunters. O efeito Doppler está prestes a se manifestar, e Mega Man X e Zero são a única cura para esse vírus mortal!

Zero, que havia retornado como caçador irregular, tornou-se comandante da Zero Special Forces Unit e continuou combatendo os irregulares ao lado de X, que atuava como comandante da 17th Elite Unit, além de outros caçadores da unidade.

Ao mesmo tempo, o Dr. Doppler, um reploid de perfil científico, conduziu pesquisas que revelaram que o vírus de computador "Sigma Virus" era a causa das irregularidades. Ele desenvolveu um vírus de anticorpos especial e propôs que ele fosse injetado em reploids. Como resultado, o número de casos de irregularidade diminuiu. Além disso, o Dr. Doppler declarou que construiria "Doppeltown", uma cidade pacífica onde humanos e replóides pudessem coexistir, e conquistou o apoio de humanos e replóides.

Alguns meses depois, porém, Doppler e seus Repliroids, que haviam sido expostos ao vírus de anticorpos mencionado acima, se rebelaram. Os Irregular Hunters identificaram Doppler e os participantes da rebelião como irregulares, e X e Zero receberam ordens para entrar em ação.