Sua missão é ajudar a cientista exilada Ciel a descobrir a origem de uma nova fonte de energia para Reploids. Jogue com Zero, aliado de Mega Man e protagonista da série Mega Man X, agora despertado após 100 anos de sono e livre da influência do Sigma Virus. Supere os inimigos e encontre a fonte dessa energia antes que a derrota seja inevitável. Cabe a você proteger o bem contra as forças destrutivas do universo.
Mais de um século após a derrota de Sigma em Mega Man X, um novo governo chamado Neo Arcadia foi criado para manter a paz. No entanto, seus líderes passaram a caçar Reploids e a rotulá-los injustamente como Mavericks. Diante disso, a única esperança dos Reploids passa a ser um Reploid lendário: o Herói Vermelho, Zero. Convencida de que os Reploids estão sendo acusados sem motivo, Ciel foge de Neo Arcadia e cria uma resistência contra o governo.
O jogo começa com Ciel e um pequeno grupo de soldados da resistência sendo perseguidos por Pantheons e Golems. Alguns soldados ficam para trás, mas a fuga continua. Em meio à perseguição, Ciel alcança uma enorme porta. Passy, sua Cyber-elf, diz: "Sinto uma energia intensa emanando daqui. Deve ser este o lugar." Em seguida, os soldados explodem a porta, e Ciel, Passy e Milan entram na sala, onde encontram o corpo sem vida de Zero, parado havia 100 anos. Milan tenta tocá-lo, mas é lançado para trás por um campo de energia que protege Zero.
Enquanto tentam descobrir como atravessar a barreira, Pantheons surgem na porta. Milan ordena que Ciel fuja e morre ao ser atingido por um dos inimigos. Passy então diz a Ciel: "Você precisa usar meu poder. Não tem escolha." Ciel hesita enquanto os Pantheons se aproximam, mas acaba aceitando, em desespero. O sacrifício de Passy quebra o campo de energia e traz Zero de volta à vida. Ele ajuda Ciel e descobre que Mega Man X — embora na verdade seja uma cópia — é o responsável pelo desligamento de Reploids inocentes.
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| Plataforma | Data | Região |
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| Game Boy Advance | 25/04/2002 | Japão |
| Game Boy Advance | 08/09/2002 | América do Norte |
| Game Boy Advance | 26/09/2002 | Europa |
| Wii U | 16/12/2014 | América do Norte |