Um disco especial que reúne segredos profundos e complexos sobre o projeto Metal Slug é roubado por um grupo misterioso chamado Ptolemaic Army, especializado em escavações arqueológicas e espionagem. Marco e Tarma, da Peregrine Falcon Strike Force, partem em perseguição e, no caminho, se juntam a Eri e Fio, da SPARROWS. Juntos novamente, os quatro investigam o objetivo oculto do Ptolemaic Army.
O laboratório responsável pelo desenvolvimento da próxima geração de METAL SLUGs é atacado, e um disco de dados com segredos da série é levado.
Marco e Tarma recebem a ordem de recuperar o disco e partem imediatamente em seu encalço. Enquanto isso, Eri e Fio, que investigam a organização paramilitar Ptolemaic Army, responsável por invadir ruínas históricas, conseguem localizá-lo em uma ruína antiga conhecida como "Corridor of Fire". Elas invadem o local e tentam derrotá-los, mas são repelidas pelos nativos e por gigantescos METAL SLUGs. Esse incidente deixa claro que o responsável pelo roubo dos segredos de METAL SLUG é o Ptolemaic Army.
As Forças Governamentais decidem então lançar um segundo ataque ao "Corridor of Flame", usando uma equipe de elite formada por membros do PF Squad e da S.P.A.R.R.O.W.S. para recuperar os segredos e destruir a organização paramilitar.
Um disco especial que contém segredos profundos e complexos sobre o projeto Metal Slug é roubado por um grupo misterioso chamado Ptolemaic Army, cujo especialidade está ligada a escavações arqueológicas e espionagem. Marco e Tarma, da Peregrine Falcon Strike Force, seguem em perseguição ao grupo e, no processo, se juntam a Eri e Fio, da SPARROWS. Juntos novamente, os quatro investigam o objetivo obscuro do Ptolemaic Army.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Arcade | 31/10/2003 | Japão |
| Neo Geo MVS | 12/11/2003 | Mundial |
| Neo Geo AES | 18/02/2004 | Mundial |
| PC (Microsoft Windows) | 16/09/2004 | Mundial |
| PlayStation 2 | 23/05/2005 | América do Norte |
| Xbox | 18/08/2005 | América do Norte |