A Peregrine Falcon Strike Force, os Ikari Warriors e os SPARROWS voltam a caçar o General Morden e seu exército. A missão é capturá-lo e impedir que ele tente mais um golpe de Estado contra o governo. No entanto, logo após a derrota de Morden, um estranho exército vindo do futuro surge para ajudá-lo. Agora, eles precisam enfrentá-lo mais uma vez e, desta vez, acabar com seus planos de uma vez por todas.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Nintendo DS | 21/07/2008 | Japão |
| Nintendo DS | 27/11/2008 | América do Norte |
| Nintendo DS | 26/02/2009 | Europa |
| Nintendo DS | 28/10/2009 | Austrália |