Ambientado dois anos e meio após os acontecimentos da série clássica Naruto, o jogo apresenta versões mais velhas dos personagens conforme a história avança e revela várias reviravoltas. Em Naruto Shippuden: Ninja Council 4, o jogador acompanha Naruto mais velho e seus amigos em uma missão para resgatar Gaara da organização sombria Akatsuki. É possível escolher aliados e formar uma equipe de três personagens, usando técnicas especiais de jutsu para enfrentar o perigo. Tanto fãs da franquia quanto novos jogadores podem usar a tela de toque para executar ataques únicos de jutsu e derrotar quem cruzar o caminho. Como bônus, jutsus desbloqueáveis permitem explorar áreas antes inacessíveis.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Nintendo DS | 18/07/2007 | Japão |
| Nintendo DS | 01/06/2009 | América do Norte |