Pela primeira vez, heróis e vilões populares da Nickelodeon se unem em um crossover que percorre diferentes cenários inspirados em desenhos do canal, com interação entre os personagens e resolução de enigmas em uma aventura de jogo definitiva da marca Nick. Entre os personagens jogáveis estão SpongeBob SquarePants, The Fairly OddParents, a equipe de Rocket Power, Jimmy Neutron e Tak. Nicktoons também marca a estreia nos videogames de novas propriedades da Nickelodeon: Danny Phantom e Rugrats All Grown Up.
O jogo começa com SpongeBob descobrindo que Plankton está tentando tomar conta de Bikini Bottom com enormes máquinas de sucção. Goddard sai de um portal atrás da casa de SpongeBob e mostra a ele uma mensagem de Jimmy Neutron. Ao seguir Goddard pelo portal, SpongeBob encontra Jimmy Neutron, Timmy Turner e Danny Phantom no laboratório de Jimmy. Jimmy cobre SpongeBob com um material autorregenerativo para evitar que ele desidrate. Em seguida, explica que sua invenção mais recente, a Universe Portal Machine, foi copiada pelo Professor Calamitous, que formou um sindicato com Plankton, Vlad Plasmius e Denzel Crocker, e que eles já estão roubando energia de seus mundos.
Os heróis tentam se teletransportar para Casper High, mas acabam no castelo de Vlad, onde ele revela que seu portal fantasma está drenando energia da Ghost Zone e que capturou os pais de Danny. Vlad derruba o grupo e os aprisiona na prisão da Ghost Zone. Depois de fazer amizade com o Box Ghost, os heróis escapam após derrotar Walker. Danny leva o grupo ao portal fantasma da Fenton Works, onde eles encontram Sam Manson e Tucker Foley. Ao retornarem ao castelo, o grupo destrói os geradores do portal. Danny possui o corpo de seu pai e usa as Ghost Gauntlets para atacar Vlad, mas ele consegue fugir.
Depois, os heróis viajam para Bikini Bottom usando o chiclete de ar de Jimmy para respirar debaixo d’água. Sandy Cheeks os envia para Jellyfish Fields para encontrar Patrick Star, mas ela acaba sugada por uma máquina que captura águas-vivas. Depois de destruírem as máquinas, o grupo vai parar no navio do Flying Dutchman. Danny o convence a deixá-los ir em troca de trazer de volta seus antigos tripulantes. Ao chegarem ao Chum Bucket, eles libertam Patrick e as águas-vivas. No telhado, enfrentam Plankton pilotando um caranguejo robótico gigante para resgatar Mr. Krabs e descobrem que os vilões vinham extraindo energia para alimentar uma Doomsday Machine.
Em Dimmsdale, os heróis invadem e desligam a energia da fortaleza dourada de Crocker. Depois seguem para Fairy World, onde encontram Jorgen von Strangle, libertam as fadas e derrotam Crocker, que pilota um exotraje em The Big Wand. O grupo então retorna ao laboratório de Jimmy e conhece Cindy Vortex. Jimmy percebe que Calamitous colocou um flea-bot em Goddard para espioná-lo. Os heróis usam o raio redutor de Jimmy para encolher e entrar em Goddard, derrotam o flea-bot e o invadem para localizar o esconderijo de Calamitous. Em seguida, derrotam o sindicato, e SpongeBob desliga a Doomsday Machine. Com Calamitous preso, Jimmy entrega a cada herói um Neutronic Recaller, caso outro incidente aconteça no futuro, e todos se despedem.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| PlayStation 2 | 25/10/2005 | América do Norte |
| Nintendo GameCube | 26/10/2005 | América do Norte |
| Nintendo GameCube | 02/03/2006 | Europa |
| PlayStation 2 | 02/03/2006 | Europa |