A proposta de Sister Princess coloca o jogador no papel de um jovem comum que passa a viver com doze irmãs mais novas, cada uma com personalidade e manias próprias. Ele tem cerca de um mês para conviver com as garotas, e cada dia é dividido em três momentos: o período livre antes do meio-dia, o tempo depois do almoço e o período antes de dormir. Durante o dia, o jogador pode escolher, se quiser, qual das irmãs irá acompanhar até a escola. Depois do almoço, a estrutura é parecida, mas com mais opções, incluindo visitar outros lugares da cidade em vez de voltar para casa com uma das garotas. Todas as noites, antes de dormir, é possível verificar o e-mail e responder mensagens. À medida que o jogador interage com as irmãs, a forma como elas reagem ao irmão vai mudando até o desfecho.
Cada irmã tem dois finais diferentes: o final normal e o final de "não há parentesco de sangue". Como o nome sugere, esse final especial revela que o personagem do irmão e a irmã não são, de fato, parentes de sangue. No caso de algumas das irmãs mais velhas, isso pode levar o protagonista e a "irmã" a se casarem.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| PlayStation | 07/03/2001 | Japão |
| Dreamcast | 27/03/2002 | Japão |