Em aliança com o alienígena exilado Krang, o vilão Shredder sequestrou mais uma vez April O'Neil. Para resgatar a repórter, você precisa voltar aos esgotos e reunir as tartarugas que adoram pizza e dominam a luta com armas brancas. O jogador controla Leonardo, Michelangelo, Donatello e Raphael, cada um equipado com Nunchakus, Sai Swords e lâminas Katana. A aventura passa por cinco fases em Manhattan, incluindo Traffic Jam, Waste Dump Ravine e Technodrome Tower. Nelas, será preciso enfrentar novos inimigos, como Roadkill Rodney, Shell Shocker e Filet O'Filth.
April foi sequestrada novamente por Shredder, Krang e seus aliados, e Leonardo, Michelangelo, Raphael e Donatello partem para resgatá-la das garras dos inimigos. A perseguição leva o grupo pelos esgotos e pelas ruas de Nova York, passando pelo rio e chegando ao Technodrome.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| Game Boy | 31/07/1990 | América do Norte |
| Game Boy | 02/08/1990 | Japão |
| Game Boy | 30/03/1991 | Europa |