Wild Arms 2 não é uma sequência direta do primeiro Wild Arms, embora se passe no mesmo mundo fictício de Filgaia, que mistura elementos de faroeste, steampunk e fantasia. O sistema de combate por turnos contra inimigos que surgem aleatoriamente lembra o do jogo anterior e traz técnicas próprias de cada personagem, além do sistema Guardian, que permite convocar criaturas poderosas para ajudar nas batalhas. Três combatentes podem ser usados ativamente nos combates, e o jogador também pode alternar qualquer um deles com um personagem de reserva, chegando a até seis no total.
Mil anos antes, um grande Blaze of Disaster devastou a terra de Filgaia. A causa foi um demônio conhecido como Lord Blazer. Muitos heróis tentaram derrotá-lo e falharam, até que uma garota empunhando a espada mágica Argetlahm entrou em combate e conseguiu vencê-lo. No entanto, ela não pôde matá-lo; em vez disso, sacrificou a própria vida para selar Lord Blazer para sempre. O nome da garota foi esquecido pelo tempo, e ela passou a ser conhecida apenas como Sword Magess.
Nos dias atuais, Filgaia é uma terra devastada, que continua a definhar. Grande parte do mundo já se tornou deserto, e as poucas áreas cobertas de vegetação restantes seguem diminuindo. Ashley Winchester, membro de uma unidade militar perto de Meria Boule, acaba envolvido no destino do mundo quando seu grupo participa de um experimento de invocação de demônios. O experimento é conduzido pela sinistra organização Odessa para ressuscitar Lord Blazer — ou pelo menos é o que parece. Depois que todos os seus amigos e companheiros são possuídos por demônios, Ashley também acaba tomado por essa força. Após matar seus antigos companheiros, ele reivindica a lendária Argetlahm, trazida à cerimônia de invocação como relíquia. Ao entrar em contato com a espada, ele confronta o demônio dentro de si, o próprio Lord Blazer, e a portadora da espada, a Sword Magess. Conseguindo reprimir Lord Blazer por enquanto, Ashley foge de volta para sua cidade natal, Meria.
Mas isso não é o fim para Ashley. Logo ele recebe uma proposta de um homem misterioso chamado Irving para se juntar a uma equipe de elite chamada ARMS (Agile Remote Missions Squad)/(Awkward Rush and Mission Savers). Depois de aceitar, Ashley conhece as outras duas pessoas escolhidas para a ARMS: Lilka Eleniak e Brad Evans; um ex-herói de guerra que se tornou criminoso e uma garota em treinamento para se tornar uma Crest Sorceress. Irving revela seus planos: combater Odessa, que, segundo ele, em breve vai tornar sua presença conhecida ao mundo. Os três protagonistas se envolvem em uma série de acontecimentos que acabam levando ao destino do próprio mundo de Filgaia.
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| Plataforma | Data | Região |
|---|---|---|
| PlayStation | 01/09/1999 | Japão |
| PlayStation | 29/04/2000 | América do Norte |
| PlayStation 3 | 27/11/2007 | Japão |
| PlayStation Portable | 27/11/2007 | Japão |
| PlayStation 3 | 22/07/2009 | América do Norte |
| PlayStation Portable | 22/07/2009 | América do Norte |