Full Metal Panic? Fumoffu é focado exclusivamente na parte cômica e são muitas as partes hilárias que aparecem na história. Sousuke Sagara ainda está tentando se adaptar a sociedade, mas isso é um pouco, senão impossivel, dificil. Até mesmo sua superior, Tessa Testarossa, resolve tirar férias e passar uns dias sendo uma aluna... da mesma clase de Sagara e Chidori... Isso sem mencionar o Bonta-kun... Quem? Uma arma-mascote...
O homem do sul: um admirador secreto deixa uma carta de amor no armário de sapatos de Sousuke. Em vez de encontrar a carta, ele deduz que seu armário foi adulterado e o explode imediatamente. Dos seus fragmentos, Sousuke interpreta mal a carta como uma ameaça de morte e confronta seu "perseguidor". Uma hora de almoço infrutífera: Sousuke esquece as anotações de Kaname em casa e elas fazem uma corrida frenética para recuperá-las e voltar antes do final do almoço. Apesar do atraso, descobrem que as anotações não eram necessárias, pois o professor coincidentemente adoeceu.
Durante um dia na praia, Kaname fica chateado com a insensibilidade de Sousuke. Quando sai sozinha, é convidada a tomar chá com um garoto apaixonado por ela. Sousuke, no entanto, acredita que ela foi sequestrada e passa a resgatá-la de seus aparentes sequestradores.
The Hamburger Hill of Art: Durante uma excursão ao parque, a turma seleciona Sousuke para ser o modelo para seu projeto de arte. No entanto, Sousuke interpreta mal os conselhos de modelagem que recebe de seu professor de arte, transformando a tarefa com seus colegas de classe em um jogo de vida ou morte. Piquetagem Individual !: Kaname sai com um ex-colega de classe para um parque de diversões, enquanto Sousuke e Kyoko a seguem. Sousuke parece aliviada por ela estar simplesmente em um encontro até que yakuza bêbada ameaça Kaname. Não querendo revelar que ele a estava seguindo, Sousuke vem ao resgate disfarçado de mascote do parque.
Enquanto Kaname trabalha com a polícia para pegar um pervertido, Sousuke tenta protegê-la - e rapidamente se torna um suspeito no caso! Mais tarde, Kaname e Mizuki tentam assustar Sagara em um hospital abandonado.
Quando Sousuke assume o Karate Club, as três primeiras lutas não são um problema - o presidente do clube é outra história. E quando o zelador se machuca durante a briga, um dos caras precisa ajudá-lo em suas tarefas.
O Jindai High Rugby Club será dissolvido, a menos que Sousuke e Kaname possam atolá-los. Será uma missão difícil - o clube é formado por vários perdedores.
Tessa decide tirar uma folga e vai para a escola de Sousuke por duas semanas. Infelizmente, entre trabalho e lição de casa, Sousuke está estressado.
Quando Tessa, Sousuke e Kaname vão para as fontes termais, Kurz assume uma missão especial: espreitar o banho das meninas. Felizmente, Sagara já planejou isso e plantou uma armadilha.
O pai de Ren - um chefe da Yakuza - contrata Sousuke para treinar seus homens como lutar. As novas habilidades dos gângsteres são postas à prova quando uma organização rival sequestra Ren e Kaname!
O Clube de Sociologia realiza um experimento para descobrir qual clube da escola flerta melhor. Sousuke ajuda Shinji no Photo Club, mas logo fica claro que ele não tem idéia de como lidar com o sexo oposto.
Sousuke pede um novo escopo para sua pistola, mas recebe uma garrafa estranha. Infelizmente, o conteúdo é uma arma biológica. Pior ainda, a garrafa é aberta na escola!
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