A história continua acompanhando as aventuras dos principais membros da Seção 9: Motoko Kusanagi, Batou e Togusa. A série mantém o formato episódico e retrata a Seção 9 lidando com questões políticas, como o acolhimento de refugiados e intrigas nucleares. Outra instituição governamental, o Departamento de Informação do Gabinete, entra em confronto direto com a Seção 9. Além disso, uma organização terrorista que se autodenomina "Individual Eleven" entra em cena.
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