A história começa com Sonic tentando salvar Cream e Cheese das garras do Dr. Eggman que ativou o poder do Controle do Caos fazendo com que ele, Sonic e os seus amigos Amy, Knuckles, Tails, Cream e Cheese fossem tele transportados para o planeta Terra onde eles conhecem os humanos Christopher Thorndyke, o seu avô Chuck Thorndyke e os amigos da escola de Chris - Helen, Danny e Francis.
Sonic não conseguiu retornar ao seu mundo. Enquanto isso, Eggman está trabalhando para desenvolver uma série de robôs.
Tails e Sonic estão em busca de uma Esmeralda do Caos. Knuckles relembra importantes acontecimentos do passado.
Sonic e Tails partem em busca de Amy para resgatá-la. Eggman ordena que os robôs capturem Froggy.
Knuckles, Sonic e Tails se infiltram no Egg Cargueiro e tentam encontrar a peça que falta da Esmeralda Mestre.
Tails salva a Station Square e vira um herói. Nas ruínas, Sonic encontra a luz misteriosa que o leva ao passado.
Eggman deseja se vingar da traição de Caos. Enquanto isso, Knuckles e Sonic são transportados para o passado.
Eggman descobre a existência do projeto Sombra, uma operação secreta para desenvolver a criatura perfeita.
Sonic é acusado de roubar uma Esmeralda do Caos e unir forças com o inimigo. Agora ele corre o risco de ser preso e julgado por traição.
Sonic está detido em uma prisão de segurança máxima na Ilha. Tails, Chris e Amy tentam libertá-lo.
Depois que a prisão da ilha é destruída, Sonic sai à procura de Chris, mas não o encontra. Dr. Eggman está envolvido nesse sumiço.
Sonic e Sombra se enfrentam enquanto o resto da tripulação procura Dr. Eggman. Knuckles e Rouge brigam pelo controle da Esmeralda Mestre.
Dr. Robotnik planeja como vingança colidir a ARK com a terra e destruir tudo! Agora, Sonic precisa convencer Sombra a salvar o mundo.
Aves misteriosas chamadas Flickies aparecem na Terra. O presidente precisa agir para evitar que a presença delas vire um problema entre as espécies.
Todos aguardam a chegada do ano novo para assistirem ao primeiro nascer do sol. Eggman tem planos para interromper esse momento.
Sonic é suspeito de interromper o fornecimento de luz solar de Eggman. O presidente envia as Forças para capturá-lo.
Sonic não aparece no encontro com Amy, e ela decide sair com Sam. Enquanto isso, Bokkun ajuda a tirar Eggman da cadeia.
O pai de Chris descobre que a maioria de seus funcionários está seguindo Sonic e abandonando o emprego. Direto da prisão, Eggman cria uma armadilha para o ouriço.
Após Eggman ser solto, Stewart procura por ele nos esgotos, mas acaba sendo capturado.
Para atrair Eggman, o presidente cria um torneio que tem como prêmio uma Esmeralda do Caos. Sonic, seus amigos e alguns servos de Eggman participam da competição.
Emerl vence a luta final contra Knuckles e ganha uma Esmeralda do Caos. O problema é que ele enlouquece e destrói a cidade.
Knuckles tem um mapa antigo que mostra um continente perdido. Eggman logo descobre e tenta roubar o mapa.
Sonic e seus amigos estão à procura de Eggman. No meio do caminho, eles encontram as ruínas da Murasia e descobrem um mundo subterrâneo.
Desde que Sonic chegou à Terra, os dois mundos estão se aproximando e quando se unirem, o tempo vai parar. O ouriço precisa retornar ao seu mundo antes disso.
Chris passa os últimos dias com Sonic e seus amigos. O presidente decide capturar Eggman.
Chris não aceita que Sonic tenha que partir. Ele sai correndo com o ouriço e todos começam a procurá-los.
Todos estão de volta em seus mundos e tudo parece normal como antes. Mas ninguém sabe onde está Sonic.
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