O novo Basilisk é uma adaptação da novel que serve de continuação do mangá original de Masaki Gasawa, cujo qual já inspirou uma adaptação para anime de 25 episódios pelo estúdio Gonzo (Full Metal Panic, Gantz) que inclusive foi exibido no Brasil no falecido Animax. A história da nova série se passa 10 anos após a conclusão do mangá/anime, focando nos personagens Hachiro e Hibiki, dois ninjas dos clãs Kouga e Iga.
Uma década depois da destruição dos clãs ninjas de Kouga e Iga, apenas dois sobreviventes permaneceram da vila oculta. Mas o destino ainda reserva surpresas para os ninjas...
Hachirou quer deixar a vila ninja e começar uma nova vida. Ele e Hibiki estão destinados a nunca ficar juntos e ele teme seus poderes.
Uma força maligna ascende das sombras enquanto atacam os Cinco Tesouros. Ele realmente é um ninja?
O assassinato dos Kouga e Iga continua e agora os Joujinshuu envolveram os Cinco Flores. O que eles são e o que querem?
Os Joujinshuu continuam atacando os ninjas e Hachirou é obrigado a entrar na briga.
Muitos anos se passaram. Os ninjas sobreviventes estão escondidos e Hachirou desapareceu. Os Joujinshuu parecem ter sumido. Será que esses dias de paz prevalecerão?
Assim que o castelo negro surge nas florestas, próximo à casa de chá, Hachirou é chamado para conversar com Tadanaga. Nesta ocasião, ele sabe de toda a verdade sobre o incidente de quatro anos atrás.
Os ninjas se preparam para a tempestade de Murakumo enquanto Hachirou escapa das armadilhas preparadas por Suruga!
Hachirou está determinado a acabar com Joujin e seus seguidores, mas seu inimigo tem planos mais intensos do que se pode imaginar.
O daimyo local arma um ataque ao castelo de Murakumo. Sem sucesso, Tenkai considera que somente ninjas conseguiriam acabar com aquele local...
Quando os ninjas estavam se preparando para atacar o castelo Murakumo, a armadura de Shikibu acaba se quebrando. Gorone e alguns ninjas permanecem para reconstrui-la, mas a separação do grupo cria a situação ideal para os inimigos.
O ataque à Murakumo começa e a primeira parte do plano é acabar com as tropas de guarda, mas muitas surpresas o aguardam...
Utsutsu relembra sobre como adquiriu sua técnica de ilusão enquanto o ataque ao castelo continua.
Hadaebou infiltra-se no castelo de Murakumo, enquanto Hachirou enfrenta Joujin sem usar sua técnica ocular. Nesse meio tempo, os demais ninjas continuam tentando derrubar o castelo misterioso.
O castelo Murakumo sumiu e aparentemente os Joujinshuu desapareceram também. Os ninjas retornam às suas rotinas, mas será que realmente a paz retornou?
Murakumo ressurge! Agora o castelo é móvel e está lentamente indo em direção à Edo. Os ninjas tentem invadi-lo, enquanto Hachirou enfrenta outros problemas.
O servo de Tenkai invade Murakumo com uma missão: trazer Suruga-sama de volta; caso isso dê errado...
A tentativa de Hadaebou de resgatar Suruga-sama não vai como o planejado. Enquanto isso, Hachirou reúne-se com seus companheiros ninja, em prol de uma única pessoa: Hibiki.
Hachirou finalmente chega a Joujin, mas recuperar Hibiki não será nada fácil...
Os ninjas começam aos poucos a entrar em Murakumo e começam a enfrentar problemas piores do que imaginavam. Enquanto isso, Hachirou precisa encontrar uma forma de libertar Hibiki e acabar com Joujin.
Os jovens ninjas vão adentrando Murakumo, enfrentando os aliados de Joujin. No meio de toda essa batalha, Hachirou precisa encontrar uma forma de conseguir derrotar o líder dos Joujinshuu sem prejudicar Hibiki.
Em meio à resistência, Joujin se vê forçado a derramar o sangue de Hibiki e Hachirou por si mesmo, porém é surpreendido por um aliado.
Nobunaga revive e mostra a que veio. Os ninjas restantes lutam para parar o Rei Demônio do Sexto Paraíso e, no processo, algo que deveria ser impossível acontece.
O destino de Edo está nas mãos de Hibiki e Hachirou, que precisam acabar com os Joujinshuuu para que a paz reine. Qual será o resultado desta batalha final?
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