Uma explosão infecta a Terra com várias moléculas microscópicas chamadas nanites que acabam contaminando os seres vivos e os transformando em criaturas irracionais e agressivas. Rex é um adolescente de 15 anos que foi infectado, mas que controla seus nanites e pode transformá-los em máquinas incríveis com super poderes. Recrutado por uma organização conhecida com Providência que foi criada para capturar, matar ou criar essas criaturas. Rex viaja pelo mundo ajudando a humanidade e investigando uma série de mutações biológicas.
Van Kleiss transforma Noah em um EVO, e Rex precisa entrar em ação para evitar que seu melhor amigo vire um monstro.
Após o ataque de um E.V.O. a um navio de pesquisa, Rex e Seis são chamados para recuperar um material nuclear da embarcação. Se não for recuperado, o material destruirá as áreas próximas.
Enquanto lutam contra um E.V.O., Rex e Macaco descobrem que está havendo uma festa no meio do deserto. E Cavaleiro Branco os convoca para uma missão justamente nesse mesmo evento.
Rex é enviado em uma missão a Kiev para consertar o escudo e Van Kleiss surge para recrutar um vingativo E.V.O. Rex descobre que os Mutantes também estão lá com Cirene e os segue disfarçado.
Depois de deter outro coelho E.V.O., Rex suspeita de que haja algo errado com Macaco, que de repente começou a ser gentil e a ajudar na Providência.
O agente Um se torna um E.V.O. e o agente Seis pede a ajuda de Rex para curá-lo. A missão é arriscada e representa um perigo real para Rex.
Rex luta contra uma estrela-do-mar E.V.O. e começa a entrar em momentos de transe, com máquinas estranhas que são construídas com o seu corpo.
Cavaleiro Branco é alertado e presume que uma organização esteja vendendo E.V.O.s para Van Kleiss. Ele então envia Rex e Macaco para a América do Sul.
Sabendo dos problemas de Noah com as garotas, Rex organiza um encontro duplo com Annie e Claire, e eles vão assistir a um filme de terror. O plano acaba sendo uma furada quando as duas se penduram em Rex deixando Noah irritado.
Rex descobre que dois ex-agentes da Providência chamados Rombauer e Lansky estão combatendo pequenos E.V.O.s em Coney Island. Enquanto eles lutam contra um sapo E.V.O., Rex vai falar com os ex-agentes e acaba os ajudando. Mas o sapo consegue escapar.
Noah convence Rex a se matricular no seu colégio para competir em um torneio de pingue-pongue. Os três ex-parceiros de Noah foram hospitalizados em jogos contra uma equipe de outra escola, e Rex descobre que eles são gêmeos.
Rex começa a investigar uma área livre de nanites dentro de uma tempestade de areia e percebe que Van Kleiss, Biolobo e Escalamandra estão entrando nela. Rex e Van Kleiss acabam ficando presos em um buraco que leva a uma caverna subterrânea.
Rex e Cesar vão a uma aldeia no México para visitar sua avó adotiva. Mas ela está escondendo algo.
Branca vai a Hong Kong, já que seu mestre tem uma missão importante para ela, que envolve Quarry.
Dr. Brandon Moses desenvolve uma cura para doenças incuráveis e Dra. Holly se interessa. Seis, Rex e Cavaleiro Branco desconfiam de algo.
Uma equipe de repórteres recebe passe livre para filmar as operações da Providência. Notícias ruins chegam a cavalo.
Rex fica de castigo sozinho na Providência, e Noah o convence a dar uma festa. Porém, apenas quatro fracassados e um E.V.O. aparecem.
Um esforço para restaurar a memória de Rex acaba fazendo com que Seis perca quase todas as suas lembranças. Agora, transformado em sua versão menos sofisticada, Rex deve ajudá-loa se tornar do mercenário impiedoso que ele era no mentor que agora é.
A habilidade de Branca de criar portais é artificialmente aperfeiçoada por Van Kleiss, a tal ponto que agora ela consegue criar portais dourados que permitem viagens no tempo.
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