Fred, Daphne, Velma, Salsicha e Scooby-Doo continuam solucionando mistérios da assustadora cidade de Baía Cristal, um ponto turístico que tem um longo histórico de aparições de espíritos, lobisomens e mergulhadores brilhantes.
Com a turma dividida e Baía Cristal perseguida por um bebê malvado chamado "Palhaço Chorão", o prefeito recruta a Mistério S/A.
Velma e Cachorro-quente trabalham para o Sr. E. Mas a exposição ganha vida e assombra Baía Cristal.
O Palhaço Chorão está de volta para se vingar do povo de Baía Cristal. Quando ele captura Daphne, a turma não perde tempo resolvendo o mistério.
A turma busca solucionar o caso do Tecelão de Sonhos, que faz com que os cidadãos destruam o que amam. Fred é visitado por seus pais verdadeiros.
Na busca pela fera mítica Hodag, a Mistério S/A encontra algo muito mais valioso: a quarta parte do Disco Planisférico!
O mundo da arte chega à Baía Cristal em forma de mistério. Uma obra tenta destruir seu criador. Com Scooby em uma banda emo, as coisas ficam feias.
A turma é atacada pelo Zumbi do Cemitério, ele tenta não fazer "perfil de vilão", mesmo quando o suspeito perfeito está diante de seus olhos.
A turma sobe o Monte Diabla pelo mistério do Anjo da Destruição de asas escuras e um galeão espanhol, mas encontram outro pedaço do Disco.
O fantasma de um juiz puritano maluco, Hebediah Grimm, aterroriza os jovens de Baía Cristal no Mirante do Amor, e a turma se envolve.
Depois de uma avalanche, uma turma rival prende nossa turma em uma biblioteca assustadora. Eles também estão atrás do Disco Planisférico.
Cassidy é atacada por robôs das profundezas do mar e a turma a ajuda a descobrir quem os está enviando e por quê. Teremos aventuras em alto mar.
A prefeita recruta a Mistério S/A para investigar o mistério do Urso do Medo, um urso mutante que está aterrorizando a cidade de Destroido.
A estranha aparência de uma cabra malvada chamada Krampus faz a turma correr para encontrar todas as peças do disco Planisférico.
Dinamite, o Bionicão, e o Falcão Azul se juntam à Mistério S/A para solucionar o mistério do dragão demoníaco que está aterrorizando a cidade.
Quando a turma investiga a história de Baía Cristal, a múmia de um frade franciscano ganha vida para terminar o que começou.
A turma investiga as alegações do Xerife sobre alienígenas roubando dispositivos de alta tecnologia da vila para consertar sua nave.
Quando Baía Cristal é ameaçada por uma manada monstruosa de vacas esqueletos, a Mistério S/A descobre que o Professor Péricles está por trás disso.
Uma banda de Ska se levanta do túmulo e sua música ameaça fazer toda a cidade dançar até a morte, a menos que Salsicha e Scooby os impeçam.
Um demônio do glúten consome todo o pão, massas e doces saborosos em Baía Cristal, Salsicha e Scooby devem vencê-lo antes que seja tarde demais.
Um ladrão em uma motocicleta, o galã da rodovia, sequestra todas as mulheres de Baía Cristal: nossos heróis devem detê-lo.
Professor Péricles manda Fred a um futuro apocalíptico para que ele consiga encontrar a localização do Disco Planisférico, mas algo está errado aqui.
A turma fica sob hipnose para aprender mais sobre os antigos seres Annunaki, a Entidade do Mal enterrada embaixo de Baía Cristal, e como derrotá-la.
A turma vai para o sul da fronteira e explora as ruínas maias em busca da tumba dos Caçadores de Segredos e do Coração do Jaguar.
Quando a turma retorna, encontram Baía Cristal escravizada pelo Professor Péricles e desenterrando a cidade em busca do tesouro amaldiçoado.
Usando as quatro chaves, a turma encontra a câmara do tesouro e a Entidade do Mal. Ela revela a eles um segredo que pode mudar suas vidas para sempre.
Ao descobrir o Coração do Jaguar, a turma trabalha em equipe para evitar que a entidade maligna acabe com o mundo. Mas eles terão uma surpresa!
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