Falling Skies começa em meio a um ataque alienígena caótico de que deixou a maior parte do mundo completamente incapacitado. Nos seis meses desde a invasão inicial, os poucos sobreviventes uniram-se fora das grandes cidades para começar a difícil tarefa de combater os invasores. Cada dia é um teste de sobrevivência como soldados e cidadãos, que trabalham para proteger as pessoas sob seus cuidados, ao mesmo tempo que uma campanha de repressão acontece contra a força alienígena ocupante.
O episódio inicia três meses após Tom Mason entrar na nave invasora. Weaver ainda está no comando, enquanto Anne ainda é a médica. Eles já passaram por diversas batalhas e se tornaram um pouco diferentes. Pope é o líder dos Berserkers, um grupo de renegados que estão na 2ªMass, mas em quem Weaver não confia muito. Tom retorna de repente, e enfrenta dúvidas do grupo com relação à sua lealdade. Enquanto isso, Hal e Ben continuam a brigar, principalmente com relação à autoridade de um sobre outro.
Tom ainda é assombrado por lembranças de quando esteve na nave, e começa a imaginar que possam ter lhe feito algum tipo de alteração cerebral. Pope, que é o principal membro que duvida de Tom, planta diversas dúvidas dentro do grupo. Enquanto isso, Ben começa a se interessar pelos Skitters. A 2ª Mass chega a uma velha ponte que ainda pode lhes ajudar a atravessar o rio e fugir do ataque iminente.
A 2ªMass chega até um hangar em um aeroporto, mas as péssimas condições deixam Anne preocupada com a saúde de todos. Enquanto isso, os Berserkers armam um plano para se livrar de Tom. Enquanto acompanham a perda de um membro querido dentro do grupo, aparece uma ajuda de onde eles menos esperam.
Enquanto patrulham, ben e Hal tem suas motos roubadas. Ao ir atrás dos ladrões, descobrem um grupo de crianças sobreviventes. Além disso, Matt fica em perigo, e Weaver consegue reunir uma parte de sua família.
Há o retorno de um rosto conhecido à 2ª Mass. Enquanto isso, um skitter é capturado e levado ao acampamento como prisioneiro de guerra. E Hal e Maggie começlam a aproximar-se, enquanto maggie conta mais seu passado.
Hal encontra diversos corpos de crianças sem os arreios, e encontra uma conhecida. Tom e Anne se aproximam. A saúde de Weaver piora, enquanto Tom descobre que Weaver escondia muita coisa para manter o grupo unido.
Ben é colocado em perigo por alguém que ele julgava conhecer bem e em quem confiava. Tom captura mais um refém alienígena. Weaver oferece um trabalho a Matt, para que o pequeno se sinta útil. Os membros da 2ª Mass ficam presos e cercados no prédio, e além disso aparece um tipo de inimigo diferente.
A 2ª Mass começa a viagem até Charleston, enquanto ainda sofrem as perdas recentes. Weaver aprende mais sobre o passado de Tector, que se torna um alido do comandante. Matt começa a aproximar-se de um menina arreada há tempos, que já iniciou o processo de transfiguração.
Como novos integrantes da cidade-estado de Charleston, eles são recebidos com muita festa em um local extremamente seguro e o mais próximo do mundo pré-invasão que já chegaram. Entretanto, Tom Mason desconfia daquela calmaria, e imagina que as coisas deveriam ser diferentes.
A 2ª Mass consegue permissão para lançar um ataque aos alienígenas, e destroem uma grande arma que estava em construção, bem como matam o líder alienígena que já haviam preso uma vez. Porém, vem do céu algo que eles não esperavam, que pode ser um aliado ou inimigo.
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