No futuro, é possível medir quantitativamente as emoções, desejos e todas qualidades de uma pessoa. Desta forma, também é possível medir o fator de tendencia criminosa de uma pessoa, o qual é usado para julgar criminosos. Essa é a história de um time de policias dedicados a manter a ordem pública. Alguns deles trabalham na Divisão de Justiceiros, responsável pela apreensão de criminosos, enquanto outros pertencem à Divisão Supervisora, que supervisiona seus colegas Justiceiros.
Akane Tsunemori permanece como inspetora da Agência de Segurança Pública. Ela se une a um novo colega para impedir um homem-bomba de explodir o Sistema Sibyl.
O mistério permanece após o assassinato cometido por Shisui. Depois de preso, o homem-bomba menciona um cúmplice que as varreduras não detectaram.
Shisui acorda sem um olho. Akane Tsunemori sai para encontrar o homem invisível.
Depois de ter sido contactada pela inspetora Shisu, Aoyanagi visita uma enfermaria psiquiátrica e acaba tendo que enfrentar um paciente rebelde.
Mika ainda está tendo dificuldades para se recuperar do massacre que testemunhou. Akane decide visitar o esconderijo suspeito de Kamui.
Uma caçada humana tem início. Kamui assumiu o controle dos drones do ministério e recrutou jogadores anônimos para pilotá-los.
Agora, Akane Tsunemori tem certeza de que o homem invisível existe e vai tentar localizá-lo usando as dicas que ele deixou em seu esconderijo.
Akane e sua equipe examinam o passado de Kirito Kamui. Mika Shimotsuki faz uma descoberta impressionante ao vasculhar os arquivos do ministério.
Sakuya e Kasei revelam a verdade por trás do Sistema Sibyl, e Akane tenta resolver as contradições dele. Kamui passa para a última fase de seu plano.
Kamui dá início ao seu plano para sobrecarregar o Sistema Sibyl. A diretora Kasei se sente em perigo e ordena à inspetora Tsunemori que intervenha o mais rápido possível.
Akane Tsunemori se vê cara a cara com Kirito Kamui em um confronto que revela as verdadeiras intenções do executor dela.
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