Após anos de guerras por shares, as deusas assinaram um tratado que proíbe que os mesmos sejam tomados por meios violentos. Mas como resultado da preguiça de Neptune, os shares de Planeptune vivem em um declínio constante, e Histoire ordena que Neptune encontre uma maneira de remediar a situação.
Após longos anos de guerra, a paz finalmente chegou a Gamindustri. Como de costume, porém, a deusa de Planeptune é um pouco pacífica DEMAIS - videogames são muito mais divertidos do que governar um país! Com o fim da Guerra dos Consoles, será a próxima guerra uma batalha entre Neptune e a inércia?!
Um dia no parque de diversões toma um rumo sinistro quando duas meninas (quase) inocentes são sequestradas por um monstro. Então um estranho com uma equipe de filmagem invade o Basilicom, e as coisas começam a ficar estranhas.
Vert convida todas as deusas para uma festa em Leanbox, mas quando elas chegam, ela está ocupada com outro grupo de pessoas. Então, assim que a comemoração finalmente começa, a equipe do Basilicom relata uma invasão monstruosa que faz com que todas as CPUs entrem em ação.
Nepgear, Uni, Rom e Ram são instruídas a voltar para casa após a captura de suas irmãs, mas elas não podem deixar suas famílias em perigo. Para recuperar as irmãs, elas terão que aprender a se transformar em deusas.
As irmãs mais novas partem para o resgate, enquanto Nepgear lidera a investida contra os monstros de Arfoire. Mas com as deusas cada vez mais sendo consumidas pela escuridão, será que elas conseguirão ajudá-las a tempo?
Noire está aprontando algo à noite, a portas fechadas, e Uni está morrendo de vontade de saber o que é. Felizmente, ela tem a especialista em tecnologia Nepgear para ajudá-la. Mas parece que Uni não é a única interessada no que a Noire está fazendo.
A turma aprende mais sobre Plutia, e a pior e mais odiada inimiga de Neptune aparece.
As CPUs visitam uma ilha só para adultos cheia de prazeres proibidos - por motivos de trabalho, é claro. Enquanto isso, Peashy fica de mau-humor depois de uma briga com Neptune.
Plutia fica irritada com Neptune. Porém, Gamindustri se vê diante de um problema ainda maior que a raiva de Plutia ...
O Éden faz uma proclamação ousada e invade Planeptune, mas Neptune está muito chateada para lutar, deixando Nepgear sozinha. As outras CPUs não são capazes de ajudar, porque elas também estão tendo problemas com o Éden.
Todos os problemas com o Éden terminaram e o mundo finalmente está em paz novamente - mas nem todos estão felizes com isso. Agora as shares das nações estão drasticamente desequilibradas, e isso nunca leva a nada de bom...
É hora da batalha final e o destino da Gamindustri está em jogo!
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