Num longínquo futuro, a Aliança Galáctica Humana têm lutado constantemente pela sua sobrevivência contra uma grotesca raça de seres conhecidos como “Hidiaasu”. Durante uma batalha intensa, Redo e o seu mech Chamber são engolidos por uma distorção no tempo e no espaço. Ao acordar do seu estado de hibernação artificialmente induzido, Redo apercebe-se que chegou à Terra, um planeta fronteiriço completamente inundado onde as pessoas vivem em navios gigantes, recolhendo relíquias das profundezas dos oceanos. Redo chega a uma das frotas chamada Gargantia onde é forçado a conviver com Amy, uma garota de 15 anos que trabalha como mensageira. Para Redo que está habituado a viver em guerra estes dias de paz continuam a surpreende-lo.
A Gargantia encontra uma frota abandonada e abandonada, e Ledo se junta a um pequeno grupo enviado para investigá-la em busca de tesouros. Amy e seus amigos entram sorrateiramente na nave e acabam se juntando ao grupo de busca. Ao encontrar uma foto antiga, Ridget percebe que a frota costumava ser o local onde sua amiga de infância, Storia, morava depois que ela deixou a Gargantia sete anos atrás com seu namorado, Ritona. Ao subir na nave principal, Pinion conclui que os habitantes da frota foram forçados a abandoná-la depois que o motor principal quebrou irreparavelmente, e o grupo retorna à Gargantia de mãos vazias, exceto por Ridget, que guardou a foto para si.
Após a batalha contra os Hideauze no espaço, Kugel e Striker ficaram presos na Terra, assim como Ledo.
Seis meses se passaram desde que Striker e Chamber lutaram. A frota de Kugel se fundiu com Gargantia e Ledo é um salvador. Ele descobre mais registros de uma civilização alienígena. Ele conversa com Reema sobre sua vida passada em Gargantia.
Ledo descobre que o que ele recuperou incluía informações sobre um robô como Chamber. Outros habitantes descobriram algo e querem a ajuda de Ledo, mesmo que isso signifique a destruição de Gargantia.
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