O ano é 2027, um ano seguindo o fim da 4ª Guerra Mundial não-nuclear. Uma bomba explodiu em Newport City, matando um grande traficante de armas que podia ter laços com a misteriosa Unidade 501. O oficial de Segurança Pública Amaraki Daisuke contrata Kusanagi Motoko, uma extraordinária hacker que usa um ciber-corpo totalmente protético para investigar, mas no caso com ela está Batou "Olhos Que Nunca Dormem" que acredita que ela é uma criminosa, o Detetive Togusa de Niihama que está investigando uma série de assassinatos de prostitutas e acredita que estão ligados ao incidente e o Tenente-Coronel Kurts da Unidade 501 que também deseja ficar de olho em Kusanagi.
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Logicomas explicando alguns dos seus poderes, mais ou menos!
Um Logicoma está a ser julgado por acusações não especificadas.
Um Logicoma apaixona-se.
Os Logicomas criam a sua própria equipa Q-Team e caçam o Cyborg Emma, com resultados interessantes.
A premissa da história: "Arrebate os dados secretos dos elementos rebeldes usando a Superfície! Há uma fuga a dizer que a gigante industrial Ishimiya cometerá um ato de terrorismo internacional, e Motoko Kusanagi e a Polícia Antimotim armada saem para apreender os dados da ficha!"
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