Uryu Kamihate é um estudante colegial que está tentando entrar na Faculdade de Medicina da Universidade de Quioto. Depois de ser acolhido pelo sacerdote chefe do Santuário Amagami, ele descobre que para viver e um dia herdar o santuário, ele precisa se casar com umas das três irmãs sacerdotisas: Yae, Yuna ou Asahi. Kamihate precisará deixar uma delas perdidamente apaixonada nesta história de romance, amizade e diversão.
Uryu chega em sua nova casa e conhece as três irmãs Amagami, mas logo ocorrem desentendimentos, principalmente com a irmã do meio, Yuna.
Chocados com a notícia do casamento arranjado, Uryu e Yuna não gostam de nada disso. A saída que Yuna encontra é preparar um plano para expulsar o Uryu da casa indiretamente, mas o andamento do plano acaba tendo resultados inesperados?
Uryu é obrigado pelo sacerdote da família Amagami a ter um encontro com cada uma das netas sacerdotisas e conhecê-las melhor.
O santuário Amagami recebe uma visita muito importante que traz péssimas notícias para o futuro do santuário... Mas Uryu tem uma proposta.
O Festival do Santuário Amagami começa, mas há algo de estranho: mesmo com todo o sucesso no marketing, poucas pessoas estão vindo.
Uryu não consegue esquecer o beijo na bochecha que recebeu de Yae por não saber o que ela realmente acha dele. Asahi resolve ajudá-lo a descobrir.
As três sacerdotisas do Santuário Amagami se veem com algumas dificuldades após a vinda de novos visitantes e decidem consultar a sua Mestra, Yomiko Tsukigami.
Uryu continua preocupado com o sumiço da Yae e não ajuda que Asahi esqueceu de procurar por ela. Ele vai atrás da irmã mais velha e descobre algo novo sobre ela.
Uryu, após ter mais um sonho estranho, decide conversar com as 3 irmãs para saber mais do passado delas com a Yomiko.
As aulas voltaram e Uryu vai para sua escola nova, recebendo uma grande surpresa.
Uryu acompanha Yae em uma saída para beber com os colegas da faculdade para cuidar dela e acaba conhecendo uma amiga de infância dela.
A próxima parada é no Santuário Inari, onde finalmente Uryu vai ter como ficar a sós com a Yae como combinaram por celular.
Uryu, enquanto procura Yae, começa a se lembrar mais e mais da menina que conheceu no passado: Reiko Ichijoji.
Asahi tem uma maratona para participar logo logo, porém, por causa da chuva, a maratona ficou no mesmo dia que o Tanabata.
Desta vez, Asahi decide focar no Festival Tanabata e ajudar suas irmãs.
Karen desafia a Asahi em uma corrida, alegando que a Asahi anda muito desleixada.
Uryu vai buscar sua nota nos simulados e tem uma surpresa desanimadora.
Após Uryu e Yuna pegarem gripe, eles subitamente trocam de corpo, um com o outro.
Uryu e Yuna começam a enfrentar dificuldades para não atrapalhar a vida do outro, como o Inglês ruim de Yuna e Uryu não saber dançar.
Yuna finalmente se abre de fato para o Uryu e conta sobre seus desejos. Enquanto come um bom dango, claro.
Shirahi vai estudar na casa do Uryu, mas o estudo acaba não dando certo por causa da bagunça das 3 irmãs.
Já faz 3 dias que o Uryu está nesse mundo estranho, sem saber como voltar e com saudade da família Amagami.
Shirahi e Uryu passam a noite no santuário Amagami, enquanto Uryu pensa em como conversar sério com a Asahi.
Yomiko tenta ajudar, explicando sobre divindades e laços do destino para Uryu e Shirahi.
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