Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles (ou simplesmente Sonic 3 & Knuckles, ou Sonic 3 Complete Edition) é um jogo de plataforma que resulta da combinação de Sonic & Knuckles com Sonic the Hedgehog 3 por meio da tecnologia de "lock-on" do cartucho. Na prática, ele reúne os dois jogos em uma única experiência, com todos os Zones presentes neles e recursos especiais exclusivos desta versão. Esta teria sido a versão original de Sonic the Hedgehog 3 imaginada pelos desenvolvedores, mas limitações de tempo impostas pela Sega levaram à divisão do jogo em duas partes.
Ao final de Sonic the Hedgehog 2, o vilão Dr. Robotnik tem o Death Egg derrubado da órbita pelos heróis Sonic the Hedgehog e seu companheiro Miles "Tails" Prower. Embora não tenha sido completamente destruído, o Death Egg cai na Angel Island, levando a ilha ao oceano abaixo. A ilha tem propriedades especiais, principalmente sua capacidade de permanecer suspensa no ar. Quando Dr. Robotnik detecta a presença de uma enorme Chaos Emerald nas profundezas da ilha, decide procurar novamente as Chaos Emeralds para que seu Death Egg possa voltar à órbita. Transformando mais uma derrota em vantagem, ele sequestra animais para convertê-los em Badniks e cria uma nova linha de armas.
Enquanto isso, Knuckles faz sua caminhada habitual pelo altar das Emeralds para verificar se elas estão bem. De repente, um grande terremoto surge do nada. Knuckles vê as Emeralds vibrando no ar e, atordoado, é lançado para cima antes de perder a consciência. Quando acorda, as Chaos Emeralds desapareceram, mas ele também vê um enorme ovo ao longe. Surpreso, ele se lembra de uma lenda sobre um dragão antigo enviado para destruir o mundo no fim dos tempos e acredita que esse ovo misterioso seja o dragão. Então surge uma figura gigantesca em forma de ovo, que se apresenta como "Dr. Eggman". Ele explica a Knuckles que veio estudar esse enorme ovo, mas que um ouriço maligno chamado Sonic está tentando atrapalhar sua pesquisa e roubar as Chaos Emeralds. Enganado pelo doutor, Knuckles parte em busca desse criminoso. Eggman sorri satisfeito com a própria mentira.
Logo após os eventos de Sonic 3, a arma orbital de Dr. Robotnik, o Death Egg, é danificada em uma batalha com Sonic e volta a cair sobre a Angel Island. Sonic atravessa cada zone em busca das Chaos Emeralds para derrotar Robotnik e entra em conflito com Knuckles mais uma vez, já que ele acredita que Sonic tenta roubar as Emeralds para si. Em Hidden Palace Zone, Sonic luta contra Knuckles e o derrota. Os dois ouvem um barulho vindo de fora da câmara e saem para encontrar Dr. Robotnik roubando a Master Emerald, a chave para os poderes de levitação da ilha. Knuckles tenta atacar Robotnik, mas leva um choque elétrico e fica preso com Sonic em um túnel subterrâneo. Percebendo que Sonic está do seu lado, Knuckles mostra um portal que os leva até Sky Sanctuary, onde o Death Egg está sendo relançado. Sonic então se infiltra no Death Egg e derrota Robotnik como Super Sonic.
A história de Knuckles, que acontece depois da campanha de Sonic, começa em Mushroom Hill, onde ele está descansando com seus amigos animais, mas é interrompido por uma bomba lançada por EggRobo. Isso faz Knuckles perseguí-lo, levando-o por versões mais difíceis da maioria das mesmas zones que Sonic percorreu. A perseguição termina nas ruínas danificadas de Sky Sanctuary, onde um robô chamado Mecha Sonic ataca Knuckles, mas acaba destruindo EggRobo por acidente. Depois de uma breve luta, Mecha Sonic usa o poder da Master Emerald para assumir uma forma Super semelhante à de Sonic. Knuckles consegue derrotar Super Mecha Sonic, que explode. Sonic aparece voando no biplano Tornado, e Knuckles pega carona para devolver a Master Emerald à Angel Island. Se todas as Chaos Emeralds forem coletadas, a Angel Island sobe novamente, em direção ao céu. No entanto, se o jogador não tiver reunido todas as Chaos Emeralds, Knuckles não consegue devolver a Master Emerald, e a Angel Island despenca no oceano.
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| Plataforma | Data | Região |
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| Sega Mega Drive/Genesis | 17/10/1994 | Mundial |
| PC (Microsoft Windows) | 25/01/2011 | Mundial |