A versão de Game Boy Color é um jogo de plataforma de rolagem lateral, sem relação com as outras versões. O jogador controla Buzz, que pode pular, correr e disparar seu laser contra inimigos. O jogo tem 11 fases, incluindo duas fases bônus que podem ser acessadas se o jogador coletar todas as moedas localizadas em determinadas fases. Como o Game Boy Color tem apenas dois botões de ação, tanto a corrida quanto o salto de Buzz são feitos pelo botão B. Parado, o jogador pode pular e atravessar buracos, enquanto a corrida é iniciada ao pressionar o botão B enquanto se move. O progresso é salvo por meio de senha.
A trama do jogo é baseada no filme Toy Story 2 e começa na casa de Andy, quando Al McWhiggin rouba Woody da venda de garagem da família. Buzz Lightyear, Hamm, Rex, Slinky e Mr. Potato Head partem em busca de Woody para resgatá-lo. Depois de sair da casa de Andy, os brinquedos entram no bairro onde Andy mora, seguem para a Toy Barn de Al, para a cobertura onde Al vive e, por fim, para o terminal e a pista do aeroporto, onde o filme termina. Stinky Pete, também conhecido como o Prospector, aparece como o chefe final do jogo, acompanhado por dois de seus capangas.
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| Plataforma | Data | Região |
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| Game Boy Color | 21/11/1999 | América do Norte |
| Game Boy Color | 30/12/1999 | Brasil |