Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e do colapso generalizado da civilização, Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra até os dias atuais, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!
Senku e companhia começam os preparativos para partir em uma viagem. Para conseguir petróleo, começam a mapear o terreno. No entanto, uma descoberta pode acelerar tudo.
Senku consegue fazer pão, mas Ryusui exige algo melhor! Então eles partem atrás de François, que fez parte da vida de Ryusui no passado.
Senku e companhia precisam encontrar petróleo e vão usar as recém-descobertas técnicas de fotografia aérea para tentar conseguir. Mas será que eles realmente conseguirão extrair petróleo no Japão?
Senku e companhia descobrem uma mensagem em código morse e precisam se apressar para sua viagem até o outro lado do mundo. Mas como eles poderão ver um inimigo invisível? Para isso eles precisarão usar os olhos da ciência.
As últimas etapas para a construção do navio se aproximam. No entanto, as peças de Kaseki não encaixam. Será que Senku e companhia conseguiram uma forma de terminar sua maior criação?
Senku e companhia finalmente partiram a bordo do Navio da Ciência Perseu! O primeiro objetivo é chegar a ilha do tesouro onde caiu a nave Soyuz com importantes materiais para continuar a jornada. Em meio a isso, uma figura misteriosa se apresenta com novas informações.
Senku e companhia finalmente chegam na ilha do tesouro, mas não sabem como lidar com os moradores da ilha. Um grupo parte em busca de pessoas, enquanto outro fica no navio e descobre uma verdade assustadora sobre a ilha.
Amaryllis conta a história de como viu a petrificação em primeira mão e agora Senku e companhia precisam de um plano para descobrir os mistérios por trás dela. No entanto, para cumprir o objetivo, eles vão precisar do laboratório... que está dentro do navio, junto dos inimigos que possuem o poder da petrificação!
Senku e companhia precisam do carro laboratório que está dentro do navio, mas precisam da ajuda de Suika e Ginro. O laboratório vai ser um passo necessário para embelezar Kohaku para que ela se infiltre no palácio interior. Mas será que eles vão conseguir?
Kohaku, Ginro e Amaryllis conseguiram entrar e estão a caminho de encontrar o "Mestre" no palácio interior. Agora Senku e companhia precisam prestar o apoio necessário para que consigam completar sua missão.
Kohaku encontrou o local onde Byakuya deixou a platina. Mas será que ela conseguirá obter esse material necessário para reviver todos os seus amigos sem ser descoberta? E será que depois disso conseguirá levar o que conseguir até Senku?
Depois que Senku e companhia conseguiram a platina, fazer fluido de reviver se tornou uma tarefa muito mais simples. No entanto, para continuarem eles precisam trazer todos os seus amigos de volta. Mas o povo da ilha está disposto a impedi-los a qualquer custo!
Enquanto o grupo de Senku começa a trazer seus amigos petrificados do fundo do mar para finalmente terminar o drone, Ginro é chamado até os aposentos do mestre. Ginro deve ir sozinho, mas tem uma arma preparada. Enquanto isso, Moz começa a suspeitar de Kohaku.
O Reino da Ciência segue na missão de reviver seus membros, e um novo e inesperado aliado se junta à causa.
Senku e companhia fizeram um trato com Moz. No entanto, agora chegou a hora de botar o plano em ação, e o Reino da Ciência se prepara para uma batalha de três frentes contra o Reino da Petrificação e Moz.
Senku e companhia se preparam para pegar o dispositivo de petrificação. No entanto, na hora de colocar o drone em ação, algo parece estar errado! Será que eles vão conseguir tirar a poderosa arma do Reino da Petrificação?
Senku e companhia se aproximam do navio para atacar Ibara. Mas os planos começam a dar errado. Encurralados contra Ibara e Moz, resta a Senku jogar a única carta que possuem na manga. O problema é que a carta é um coringa...
Yo consegue roubar a Medusa, mas não consegue evitar que Ibara a ative. Então começa uma corrida de todos tentando sobreviver antes que a arma seja ativada.
Ibara corre para a ilha depois de passar pelo raio de petrificação. No entanto, chegando lá ele encontra Senku! Mas como será que Senku sobreviveu ao raio de petrificação? Começa uma nova batalha onde apenas um dos dois ficará de pé no final.
Depois da batalha final entre o Reino da Ciência e o Reino da Petrificação, todos começam a se preparar para o que vem a seguir. Em meio a isso, mais mistérios começam a surgir em torno de Why-Man.
Depois de derrotar os inimigos na Ilha do Tesouro, Senku e companhia planejam seu próximo passo: ir para a Lua. No entanto, para isso eles vão precisar construir uma aliança. E esta aliança tem que começar com as pessoas que vão continuar na ilha...
O próximo destino de Senku e companhia já está traçado! Mas antes disso eles precisam voltar e fazer uma última parada para trazer um velho conhecido de volta. No entanto, o dispositivo de petrificação, necessário para isso, talvez não seja tão confiável quanto deveria...
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