Milhares de anos após um misterioso fenômeno transformar a humanidade inteira em pedra, desperta um garoto extraordinariamente inteligente e motivado pela ciência - Senku Ishigami. Diante de um mundo de pedra e do colapso generalizado da civilização, Senku decide usar sua mente para reconstruir o mundo. Ao lado de Taiju Oki, seu amigo de infância absurdamente forte, eles começam a reestabelecer a civilização do zero... Representando os dois milhões de anos da história da ciência, desde a Idade da Pedra até os dias atuais, esta aventura científica sem precedentes está prestes a começar!
Senku e Ryusui travam uma batalha dentro do navio para decidir a melhor rota: loxodrômica ou ortodrômica. E essa batalha será decidida em um jogo de cartas!
Depois de decidirem a rota de viagem (e colocaram um cassino e um bar em cima do navio), Senku e companhia seguem viagem. François faz um drink especial para cada um. Em meio a todas as dificuldades, a ciência mostra caminhos para a navegação até o continente americano.
Senku e companhia chegam no continente americano. Agora eles têm um prazo curto para encontrar milho antes do inverno chegar. Mas será que eles vão conseguir?
Senku e seus amigos estão sob ataque. No entanto, ao ver que o ataque é aéreo por um avião, a única conclusão possível é que o inimigo tem um cientista que também domina a ciência. Será que eles conseguirão encontrar o milho?
Gen descobre o inimigo, Dr. Xeno. A primeira comunicação entre Senku e companhia com o Dr. Xeno acontece, mas ele não parece muito amigável. Agora Senku precisa bolar uma forma de garantir que todos continuem vivos contra o grupo cientificamente mais avançado.
Começa a batalha entre Xeno e o Reino da Ciência de Senku. Sabendo que Gen é um espião, Xeno manda seu próprio grupo para eliminar Taiju, que ele acredita ser o líder do grupo. Luna é enviada para o navio para ser uma medida certa para um tiro certeiro de Stanley. Enquanto isso, o grupo de Tsukasa avança em direção à base de Xeno.
Senku se lembra de quando conheceu o Dr. Xeno. Enquanto isso, voltamos ao dia do evento que petrificou a humanidade.
Xeno desenvolveu a ciência como Senku, mas criou armas de fogo. Stanley está com o dedo no gatilho aguardando Luna, quando de repente...
Senku é alvejado e agora toda a esperança do Reino da Ciência está em Chrome. Mas será que vai dar certo?
Com Senku ferido, Chrome começa seu novo plano para chegar à base de Xeno.
Senku e Ryusui batalham contra Stanley a bordo de um avião.
O grupo de Chrome chega até Xeno. Conseguirão fugir e salvar seus amigos?
Senku e Xeno se juntam para tentar desvendar o raio de petrificação.
Senku e companhia tentam despistar Stanley. Mas será que vão conseguir?
Senku e companhia precisam colocar em ação seu plano para despistar Stanley.
Perseguidos por Stanley, Senku e seus amigos desvendam o mecanismo da Medusa.
Senku e companhia tentam atravessar os Andes fugindo de Stanley.
Senku e companhia chegam na Amazônia e buscam uma forma de escapar de Stanley.
Senku e companhia continuam a fugir de Stanley enquanto tentam desvendar o funcionamento da Medusa.
Suika e François são peças-chave no plano para conter a investida de Stanley.
Após a derrota de Kohaku e companhia, Stanley se aproxima da base do grupo de Senku.
A humanidade será acometida por um novo raio de petrificação, e Senku e Xeno lutam pela vitória.
Suika está sozinha e precisa encontrar uma forma de trazer os outros de volta.
Suika consegue reviver Senku e eles trabalham juntos para trazer todos os seus companheiros de volta.
Senku e Xeno firmam sua aliança e preparam os próximos passos para ir à Lua.
O grupo de Senku ruma para a Europa em busca de Fluorita.
Depois de liberar o canal de Suez, Senku e companhia rumam para a Índia em busca de um matemático.
Taiju e companhia chegam nos EUA e buscam uma forma de se comunicar com Senku.
Após completar as instruções para o computador, Senku e companhia rumam para a próxima fonte de materiais.
Enquanto Senku junta as últimas peças para construir o foguete, Chrome e Suika têm uma ideia diferente.
Após construir uma hidrelétrica para obter energia, Senku e companhia preparam seu império da mídia.
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