Team Prime vive na Terra, três anos após seu último confronto com Decepticons . Autobot Central Command está localizado em um silo de mísseis convertido em Nevada fornecido pelo governo dos Estados Unidos, com o agente especial William Fowler atuando como sua ligação. No entanto, a presença de Transformers on Earth não é geralmente conhecida entre a população civil.
Quando os Decepticons resurgem, os Autobots levam três testemunhas adolescentes, Jack Darby , Miko Nakadai e Raf Esquivel sob sua proteção. Megatron retorna tendo descoberto a Dark Energon , que lhe concede o poder de ressuscitar os mortos, mas está ferido, com Starscream assumindo o comando em sua ausência. Após o avivamento de Megatron, Starscream foge depois de mostrar repetidamente que ele é incapaz de provar sua lealdade ao líder Decepticon .
Enquanto Optimus sofre de amnésia, Megatron o manipula para se juntar aos Decepticons.
Jack descobre que a chave para restaurar as memórias de Optimus está em Cybertron.
Optimus se rebela contra os comandos de Megatron, enquanto os Autobots elaboram um plano arriscado para recuperar seu líder.
Quando Bumblebee perde uma capacidade de se transformar, ele questiona seu valor para a equipe.
Bumblebee descobre algo sobre a aliança de MECH e Starscream. Enquanto isso, Ratchet enfrenta demônios de seu passado.
Wheeljack retorna à Terra em busca de um novo Decepticon, mas Optimus percebe que o funcionamento operacional do Autobot é incompatível com o seu.
Airachnid e Starscream lutam pelo controle de um guerreiro Insecticon, enquanto os Decepticon se fragmentam depois da perda de um membro-chave.
Optimus Prime mostra sua fúria destrutiva, enquanto MECH revela seu plano final.
Sob ameaça do tribunal militar e da Equipe Prime, Agente Fowler precisa dar explicações sobre os eventos recentes.
Bulkhead fica preso na nave de guerra Decepticon, e é pego em meio a investidas contra a vida de Megatron.
Quando o Navio de Guerra Decepticon se torna uma ameaça direta à humanidade, os garotos descobrem que são os únicos que podem pará-lo.
A equipe Prime enfrenta Megatron para conseguir as próximas relíquias. A primeira missão leva Arcee e Bumblebee para os túneis do metrô de Nova York.
A caçada das relíquias leva Optimus Prime para a Antártida, onde ele se envolve em alianças entre Starscream e Dreadwing.
Durante a terceira caça às relíquias, surge uma oportunidade única para Ratchet e Wheeljack.
A caçada final pode ser mais perigosa para Bulkhead do que para os guerreiros que o perseguem.
Miko e Wheeljack embarcam em uma busca por vingança.
Arcee se reúne com um velho amigo e juntos eles descobrem um Decepticon projetado por Shockwave.
Starscream sai em busca de Red Energon enquanto um novo Autobot se junta ao Time Prime.
Silas se aproxima de Megatron com um plano relacionado ao Decepticon.
Enquanto Jack faz par com Smokescreen para ajudá-lo a navegar sobre o mundo humano, Megatron tenta impedir Optimus de descobrir a existência de uma arma lendária dos Primes.
Os Autobots aprendem sobre os incríveis segredos das Omega Keys, enquanto Megatron toma medidas extremas para aproveitar o poder dos Primes.
À medida que a corrida pelas Omega Keys fica acirrada, Knock Out aproveita o poder do som, já Starscream, o poder da hipervelocidade.
Quando os Decepticons o prendem em cativeiro, Smokescreen descobre a localização da última chave e tenta recuperar as outras que foram roubadas de Megatron.
Starscream propõe uma trégua para Megatron, mas Dreadwing ameaça atrapalhar seu retorno.
A busca pela Omega Key leva os Autobots e os Decepticons a uma batalha épica.
Os Autobots questionam as habilidades de liderança de Optimus quando ele toma uma decisão controversa.
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