Team Prime vive na Terra, três anos após seu último confronto com Decepticons . Autobot Central Command está localizado em um silo de mísseis convertido em Nevada fornecido pelo governo dos Estados Unidos, com o agente especial William Fowler atuando como sua ligação. No entanto, a presença de Transformers on Earth não é geralmente conhecida entre a população civil.
Quando os Decepticons resurgem, os Autobots levam três testemunhas adolescentes, Jack Darby , Miko Nakadai e Raf Esquivel sob sua proteção. Megatron retorna tendo descoberto a Dark Energon , que lhe concede o poder de ressuscitar os mortos, mas está ferido, com Starscream assumindo o comando em sua ausência. Após o avivamento de Megatron, Starscream foge depois de mostrar repetidamente que ele é incapaz de provar sua lealdade ao líder Decepticon .
O time Prime enfrente dificuldades para se reunir depois da vitória de Megatron, e Optimus tenta sobreviver.
Com o retorno de um Decepticon importante, a situação dos Autobots fica mais difícil. A vitória de Wheeljack pode acabar levando-los à derrota.
O Caçador de Autobots é revelado entre os heróis. Mas será a chegada de um novo Autobot o suficiente para salvá-los?
Liderados pelo novo membro, o time Prime inicia um ataque à vila de Decepticon.
Enquanto os Autobots se acostumam à nova dinâmica de sua linha de frente extendida, os Decepticons montam um novo esquema para clonar um exército de bestas.
Com a tensão aumentando entre os Wreckers, eles se veem confrontados pelo retorno do Predacon.
Pares inusitados se formam após Arcee e Wheeljack se unirem em uma missão. O Agente Fowler corre contra o tempo com a mãe de Jack, June.
Os experimentos de Knock Out e Starscream geram resultados monstruosos.
Megatron começa a questionar a fidelidade de Predacon após ele revelar um de seus próprios segredos.
Os Autobots capturam Soundwave enquanto Megatron decide ressuscitar um plano antigo.
Optimus enfrenta Predaking e Megatron monta uma campanha para formar nova aliança.
Ratchet enfrenta uma série de dificuldades ao retomar seus experimentos com o Energon sintético.
Os Autobots e Decepticons marcham para a batalha final e o destino da Terra entra em jogo.
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